一、Mapping and Tagging the QTLs of Yield Traits (Gossypium hirsutum L. )with SSRs and RAPDs in Upland Cotton（论文文献综述）
张艳波,王袁,冯甘雨,段慧蓉,刘海英[1]（2022）在《棉籽油分和3种主要脂肪酸含量QTL分析》文中提出本研究对棉籽油分、棕榈酸、油酸和亚油酸含量进行了不同遗传体系的QTL分析,为相关性状挖掘出更多有用的基因信息。分别于2017年和2018年,利用陆地棉亲本HS46 （P1）和MARCABUCAG8US-1-88 （P2）所构建的188个重组近交系分别与双亲杂交构建F1群体BC （P1）和BC（P2）。基于这些回交群体种子,采用专为种子性状设计的母体和胚核基因组QTL定位的混合线性遗传模型及QTLNetwork-CL-2.0-Seed软件,对棉籽油分、棕榈酸、油酸和亚油酸含量进行QTL定位分析。共检测到7个控制棉籽油分含量、3个控制棕榈酸含量、2个控制油酸含量和3个控制亚油酸含量的QTL,均具有显着或极显着的源自母体和胚2个核基因组的加性主效应,其中有7个QTL的表型变异贡献率大于10%。研究结果可为这些性状的分子标记辅助选择育种提供更为可靠的参考,为这些性状的分子遗传机制研究提供理论基础。
张小微[2]（2021）在《基于BSA-seq技术的陆地棉（G.hirsutumL.）产量和品质性状的QTL定位》文中认为
高玉洁[3]（2021）在《棉花陆海渐渗系16号染色体纤维品质QTL精细定位与分子标记辅助选择》文中研究表明
贾冰[4]（2021）在《利用棉花多亲本群体进行纤维品质相关性状定位》文中提出
赵岩,冯加加,肖向辉,黄晋玲,卢全伟,渠云芳[5]（2021）在《基于BSA-seq法的纤维衣分相关候选基因的鉴定》文中研究说明衣分是影响棉纤维产量的重要指标。本研究以高衣分棉花陆海渐渗系材料MBI7747-14和中棉所45为亲本,构建包含2403个单株的F2分离群体,挑选衣分性状极端单株构建2个混池,采用BSA-seq方法进行衣分相关基因定位分析。结果表明,在D2染色体上得到4个置信指数高于95%的候选区间,4个区间共包含236个基因,总长度为5.47 Mb。在以上基因中,200个基因中含有SNP,190个基因中含有InDel,其中70个基因含有非同义突变位点。通过转录组数据的基因表达模式分析,筛选出19个可能与衣分相关的候选基因。GO功能富集分析表明,19个候选基因集中于NADP+活性、醛糖醇代谢、碳利用和调控细胞发育等功能条目。本研究为进一步研究棉纤维衣分形成的遗传机制奠定了一定的基础。
边盈盈[6]（2021）在《陆海回交自交系群体油分含量QTL定位及候选基因GhHSD1的功能初步分析》文中认为棉花是我国重要的经济作物和油料作物,棉籽油更是与大豆油、花生油、油菜籽油和向日葵油共称为我国五大食用油。目前,对棉籽含油量的研究主要集中于油分代谢通路上的关键基因（如Gh13LPAAT5、Gh PEPC2、Gh ACCase、Gh WRI1a和Gh PDAT）的家族分析,及油分含量相关位点的QTL的定位,而通过QTL定位结果挖掘与油分相关的候选基因并进行功能验证的研究仍鲜有报道。因此,本研究利用陆海BILs群体棉籽油分含量的数据,进行棉籽油分含量相关的QTL定位,并结合生物信息学和功能基因组学,筛选出候选基因进行初步的功能分析。具体结果如下:1.利用核磁共振仪器测得5个环境下带壳棉籽的油分数据,对亲本和群体的表型数据进行描述性统计分析,海7124的平均含油量为33.75%,中棉所36的平均含油量为28.97%,亲本海7124的油分含量显着高于陆地棉中棉所36,5个环境中群体的变异系数都在10%以上,说明群体内的变异丰富,适合进行QTL分析。2.利用ICiMapping的双亲本种群的QTL作图模型（BIP）进行定位,鉴定到9个与油分含量相关的QTLs,其中D03染色体上定位的QTL表型解释率（PVE）和LOD值较高,分别为34.73%和16.88,并且在5个环境中都检测到,因此将D03染色体上的QTL视为稳定QTL。3.参考已有的研究,发现棉籽油分在胚珠发育的20天开始快速积累,基于此对定位得到的稳定区间内的基因进行筛选,结合高油材料海岛棉海7124和低油材料陆地棉TM-1的转录组数据,在D03染色体上的QTL区间中筛选出9个在胚珠发育20天高表达的基因。发现Gh＿D03G1072基因在油分快速积累前期基本不表达,在油分快速积累（胚珠发育20天）时期表达量较高,该基因注释为羟基类固醇脱氢酶,将其命名为GhHSD1。4.对HSD1基因在小麦、玉米、拟南芥、花生、大豆、棉花等不同物种中的直系同源基因编码的蛋白质构建进化树进行分析,结果表明棉花中的HSD1基因与大多数油料作物中的基因聚为一大类,而与淀粉类作物亲缘关系较远,该结果说明HSD1基因的进化伴随着物种间的分化。进一步分析HSD1基因的保守结构域,结果发现不同物种的蛋白序列都具有典型的保守功能域,该功能域为油体固醇蛋白所特有:在蛋白序列的中间有一个保守的酶活位点为Yxxx K,其次,在蛋白质的N端（氨基端）是一个共辅酶的结合位点,序列为Gxxx Gx G。5.分析35S::GhHSD1和35S::Gb HSD1转基因酵母阳性克隆的总油分含量以及脂肪酸组分正十二烷酸（C12:0）、肉豆蔻酸（C14:0）、棕榈酸（C16:0）、硬脂酸（C18:0）和油酸（C18:1）的含量,结果表明转基因酵母株系的总油分以及脂肪酸各个组分含量相较于对照都显着增高。与野生型相比,过表达陆地棉GhHSD1基因的拟南芥后代种子油分含量提高,并且提高了油酸（C18:1）、亚油酸（C18:2）、亚麻酸（C18:3）、花生酸（C20:0）和二十碳烯酸（C20:1）的含量。综上,本研究结合转录组分析以及QTL定位结果,确定候选基因为GhHSD1（Gh＿D03G1072）,它编码羟基类固醇脱氢酶,初步对候选基因进行功能验证,为增加棉花油分含量和改良棉籽油品质奠定理论基础。
杨芮[7]（2021）在《棉花陆海渐渗系群体的产量品质、抗黄萎病QTL挖掘及qVW-5-1的精细定位》文中研究说明棉花作为一种常见的经济作物,在全球多地区的气候都适宜种植外,纺织技术的发展让民众对于棉花的需求日益增加。衣被民生,利莫赖大,然而棉花上的“癌症”——黄萎病,正严重阻碍着植棉业的发展。因此,培育并推广抗黄萎病的棉花新品种是目前作物育种上的头等大事。以海陆渐渗系MBI9626与中棉所36为亲本,杂交后连续自交两代依次得到F2、F2:3和F2:4群体,测定表型性状;以覆盖棉花26条染色体的2292个SSR（Simple sequence repeat）标记先后对亲本和F2群体进行多态性检测和基因型检测;寻找表型与基因型的对应关系,挖掘与MBI9626纤维产量、品质和黄萎病抗性相关的QTL（Quantitative trait loci）。1.鉴别出16个与纤维产量相关的QTL,包括7个与铃重相关,9个与衣分相关,可解释2.25%-6.14%的表型变异率,其中6个QTL在多年多环境下稳定。12个与纤维品质相关的QTL,包括上半部平均长度3个,断裂比强度4个,马克隆值4个,整齐度1个,可解释2.49%-12.30%的表型变异率,其中2个QTL在多年多环境下稳定。10个与黄萎病抗性相关的QTL,包括发病率6个和病情指数4个,可解释3.32%-10.00%的表型变异率,其中7个QTL在多年多环境下稳定。将q VW-5-1作为目标区段,加密标记,最终锚定在引物A05-130和A05-238之间,物理距离为95 Kb,包含9个基因（GH＿A05G0220-GH＿A05G0228）。2.对大丽轮枝菌V991侵染MBI9626及其双亲海1和中棉所36的一片真叶平展期根部组织（0、7和15天）开展转录组测序,共鉴别到8453个DEGs（Differentially expressed genes）。对最显着的时序表达模式所包含的DEGs进行GO（Gene ontology）富集,主要聚类到与代谢过程、细胞进程、单一生物过程和生物调控,细胞膜、细胞膜部分、细胞和细胞部分,连接和催化活性等亚类,而KEGG（Kyoto encyclopedia of genes and genomes）注释结果显示与植物激素信号转导途径和次生代谢最有关联。3.将转录组测序结果与qVW-5-1精细定位结果相联系,精细定位区间里的9个基因有7个差异表达,综合表达水平、注释信息和国内外生物学研究进展,我们认为GH＿A05G0221、GH＿A05G0223、GH＿A05G0225和GH＿A05G0226可能参与了棉花对黄萎病的防御过程。相关基因功能需要进一步实验证明。
张晶晶[8]（2021）在《陆地棉GhHDA5和GhHDA6基因在棉花早熟性中的功能分析》文中指出棉花是重要的纤维作物,在我国农业经济中具有重要作用。棉花早熟性是一个复杂的农艺性状,也是棉花育种的重要目标之一。目前对棉花研究大多都集中于棉花纤维品质、产量等,而对于棉花早熟性研究较少,本研究旨在挖掘棉花早熟相关基因,并对其功能进行分析,主要结论如下:1.本研究在实验室之前的基础上,针对一个开花相关主效QTL,从重组自交系群体中挑选RIL174为母本,G2005为轮回亲本构建一个包含有828棵单株的BC1F2次级分离群体。调查该群体的开花期符合正态分布。在候选区段附近筛选到13对多态性SSR标记,对BC1F2群体进行基因型鉴定,利用加性-完备区间作图法进行QTL定位。检测到在D03染色体上存在一个主效QTL（q FT-D03）,位于基因组32.8-34.82 Mb之间,LOD值为17.57,解释表型变异9.87%。对区段内68个基因进行功能注释结合表达模式分析,挑选出来一个棉花开花相关基因Gh HDA6。组织表达模式分析表明Gh HDA6基因在花器官中具有较高的表达水平,而且在两个亲本花芽分化时期存在显着差异。Gh HDA6过表达转基因拟南芥比野生型开花提前,而病毒诱导Gh HDA6基因沉默株系跟对照VA植株相比表现出了晚花的表型。通过筛选早熟相关酵母AD质粒文库,检测到两个基因Gh MSI4和Gh NF-YC2基因与Gh HDA6相互作用,这两个基因表达模式相似,且都在棉花早晚熟材料中差异表达,推测两个基因与Gh HDA6基因相互作用共同调控棉花开花时间。2.为了鉴定棉花早熟性状果枝始节位相关QTL和基因,本研究利用重组自交系RIL182为基础材料,G2005为轮回亲本,构建一个包含有278棵单株的BC4F2群体。在现蕾期调查BC4F2群体的果枝始节位,从中挑选极端单株构建两个DNA混池,结合BSA测序技术,对果枝始节位这一早熟性状进行QTL定位。通过QTL-seq和共定位方法鉴定到两个关键QTL位于果枝始节位的热点区域。通过表达模式分析和VIGS试验鉴定到两个跟果枝始节位和开花相关的基因Gh APL和Gh HDA5,二者在两个亲本花芽分化时期具有显着差异。病毒诱导Gh APL和Gh HDA5基因沉默,相比于对照VA植株,沉默植株表现出了果枝始节位升高,开花延迟的表型。3.本研究鉴定到两个棉花组蛋白去乙酰化酶Gh HDA6和Gh HDA5与早熟性状相关,表明RPD3类型的去乙酰化酶在棉花早熟性方面起重要作用。通过全基因组鉴定,在9个物种中共检测到108个RPD3基因。根据拟南芥的分类,这些基因被分为四个亚组。通过对54个棉花RPD3基因的外显子-内含子结构和保守基序分析,四个亚家族之间存在显着差异,但在同一分支上高度保守。RPD3基因在二倍体棉种和四倍体棉种中的基因数目和染色体分布相对保守。基因表达模式分析显示,大部分Gh RPD3基因在花器官中具有较高的表达水平,而且低温、高温、PEG和Na Cl四种非生物胁迫可以不同程度的诱导RPD3基因的表达。在棉花花芽分化阶段,5个RPD3基因在早熟棉中50的表达水平显着高于晚熟棉国欣11号。此外,Gh RPD3基因可以响应外源激素Me JA和ABA的处理。这些结果为今后分析棉花早熟的遗传机制和选育早熟品种奠定了基础。
左志丹[9]（2021）在《CMS-D2细胞质和恢复基因的效应研究》文中研究指明为研究哈克尼西棉细胞质雄性不育系的细胞质和恢复基因是否会对棉花苗期生长、叶片光合特性、花药育性以及最终的产量和纤维品质性状产生影响。本课题组前期采用保持系ZB[N（rfrf）]为亲本,分别与恢复系ZBR[S（Rf Rf）]进行正反交、与不育系ZBA[S（rfrf）]进行杂交,然后以ZB[N（rfrf）]为轮回亲本,经过10代回交,创制出保持系ZB的三种哈克尼西棉恢复基因近等基因系材料,基因型分别为S（Rfrf）和N（Rfrf）以及S（rfrf）。本研究以基因型为S（Rfrf）和N（Rfrf）的材料分别自交,通过与恢复基因紧密连锁的分子标记Indel1892检测,得到哈克尼西棉不育胞质恢复系SR[S（Rf Rf）],陆地棉可育胞质纯合恢复系NR[N（Rf Rf）],NR、SR自交繁种,保持系ZB自交得到NB[N（rfrf）],ZB与NR杂交得到NH[N（Rfrf）],ZBA与NR杂交得到SH[S（Rfrf）],最终成功创制出2套同核异质和1套同质异核的哈克尼西棉恢复基因近等基因系材料NH[N（Rfrf）]和SH[S（Rfrf）],NR[N（Rf Rf）]和SR[S（Rf Rf）],NR[N（Rf Rf）]和NB[N（rfrf）],五种材料的核遗传背景均来自保持系ZB,2020年分别种植于黄河流域棉区（河南安阳）和长江流域棉区（江西九江）。对苗期生长性状、全生育期叶片光合生理参数、花药发育状况、产量及其构成因素以及纤维品质性状进行差异显着性分析和相关分析,以期阐明哈克尼西棉不育胞质和恢复基因的效应及其在杂种优势育种中的利用价值。本研究系统探讨了哈克尼西棉不育胞质和恢复基因对陆地棉主要性状的影响,研究结果对棉花胞质不育“三系”杂交种选育和改良具有重要的指导意义。研究结果如下:哈克尼西棉不育胞质效应结果显示:（1）不育胞质对棉花苗期生长无明显不利影响,SH较NH,SR较NR的株高、鲜重、干重均有上升趋势,但差异不显着;（2）不育胞质杂合恢复系SH和不育胞质恢复系SR的净光合速率在苗期显着高于可育胞质杂合恢复系NH和可育胞质恢复系NR,到花铃期以后则出现相反的趋势。蒸腾速率、气孔导度、胞间CO2浓度变化趋势和净光合速率基本一致;（3）不育胞质杂合恢复系SH和不育胞质恢复系SR在高温胁迫下花药育性均显着低于可育胞质杂合恢复系NH和可育胞质恢复系NR,主要表现在花粉量明显减少、可育花粉率和花粉体外萌发率显着降低;（4）不育胞质对产量性状具有显着的负效应,主要表现为籽棉产量和皮棉产量显着降低,单株铃数明显减少和衣分显着降低;（5）不育胞质对棉花纤维品质无显着影响,在安阳点能够增加棉花纤维强度,但差异不显着;（6）总体上来说,不育胞质对净光合速率、花药发育和产量等性状的负效应在夏季温度较高的长江流域棉区表现更为明显。恢复基因效应结果显示:（1）恢复基因对棉花苗期生长性状、花药发育以及全生育期净光合速率无显着影响;（2）恢复基因对黄河流域棉区棉花产量性状具有显着的正效应,对长江流域棉花产量无显着影响;（3）恢复基因可以显着增加棉花纤维长度。
李憬霖[10]（2021）在《棉花品种资源全生育期抗旱性评价及全基因组关联分析》文中进行了进一步梳理为了筛选棉花全生育期抗旱性鉴定指标以及抗旱棉花品种资源,本试验采用199份抗旱性不同的棉花品种为材料,分别来自长江流域棉区、黄河流域棉区、西北内陆棉区、北部特早熟棉区及国外。共进行两年四点试验,分别位于中国农业科学院棉花研究所新疆胡杨河试验站、阿拉尔试验站及甘肃省农科院敦煌试验站进行,设置正常灌水和干旱胁迫处理,在全生育期内进行干旱处理。选取了株高、铃数、单铃重、及可溶性糖含量等指标,采用抗旱系数、主成分分析、灰色关联度分析和聚类分析相结合的方法,对199份棉花品种资源全生育期抗旱性进行综合评价及抗旱指标筛选。通过对两年四点的试验数据的变异系数进行分析发现,衣分的变异系数最小,而籽棉产量和全营养枝长度的变异系数较大。同时,籽棉产量的DC值范围较宽,而单铃重和衣分的DC值范围较小,说明籽棉产量受到干旱影响较为严重,而单铃重和衣分的影响较小。通过对各个农艺性状进行主成分分析后发现,干旱胁迫对植株发育的作用较为明显,尤其是对株高的发育影响较为明显。比较四个点次试验的DC值和D值的关联度发现,单株第一营养枝长度和单株全营养枝长度的关联度排名较高,而衣分的关联度较低;而DC值和WDC值的关联度在四个点次的试验之间存在较大差异。最终,本试验筛选到STS458、银花树、新陆中16号、新陆中26号和光叶岱字棉五个抗旱性较好的棉花品种。同时,采用全基因组关联分析的方法,将两年四点试验的农艺性状数据与199份棉花基因组重测序数据相结合,共得到81个SNP位点,筛选出与多个与抗旱相关的优良候选基因,这些候选基因主要位于A06、A07和D04染色体上。其中,在2019年胡杨河可溶性糖含量减退率、2019年胡杨河单株第一营养枝长度减退率、2019年胡杨河全营养枝减退率和2020年胡杨河全营养枝减退率四个农艺性状共同关联到一个SNP（A07:26180293）,在这个SNP附近发现Gh＿A07G1192和Gh＿A07G1198两个候选基因,这两个候选基因在本实验室前期室内抗旱试验数据结果表现较好,表明这两个基因可能与棉花抗旱性关系密切。下一步将通过RNA干扰、转基因等方法来对这些候选基因进行鉴定,揭示棉花抗旱性的作用机制,为棉花抗旱育种提供理论依据和分子材料。
二、Mapping and Tagging the QTLs of Yield Traits (Gossypium hirsutum L. )with SSRs and RAPDs in Upland Cotton（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、Mapping and Tagging the QTLs of Yield Traits (Gossypium hirsutum L. )with SSRs and RAPDs in Upland Cotton（论文提纲范文）
（1）棉籽油分和3种主要脂肪酸含量QTL分析（论文提纲范文）
| 1 材料与方法 |
| 1.1 试验材料 |
| 1.2 田间试验 |
| 1.3 性状测定 |
| 1.4 遗传图谱 |
| 1.5 QTL定位分析 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 棉籽油分及3种脂肪酸含量在亲本、BC (P1)和BC (P2)回交群体中的表现 |
| 2.2 4个性状的表型相关性 |
| 2.3 QTL定位分析 |
| 2.3.1 油分含量 |
| 2.3.2 棕榈酸含量 |
| 2.3.3 油酸含量 |
| 2.3.4 亚油酸含量 |
| 3 讨论 |
| 3.1 棉籽油分含量等4个品质性状QTL在胚和母体核基因组上的表达 |
| 4 结论 |
（6）陆海回交自交系群体油分含量QTL定位及候选基因GhHSD1的功能初步分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 主要符号对照表 |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 我国棉花生产现状 |
| 1.2 QTL定位原理与方法 |
| 1.2.1 数量性状及其遗传位点 |
| 1.2.2 遗传作图群体类型 |
| 1.2.3 遗传标记的类型 |
| 1.2.4 常见的分子标记 |
| 1.2.5 QTL定位方法 |
| 1.3 棉籽油分含量研究进展 |
| 1.3.1 棉籽油分含量和组成成分研究 |
| 1.3.2 棉籽油分含量QTL研究进展 |
| 1.3.3 其他油料作物油分含量研究进展 |
| 1.3.4 控制棉花油分含量基因的研究进展 |
| 1.4 本研究的目的与意义 |
| 第二章 海陆群体油分含量QTL定位 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 试验材料 |
| 2.1.2 海陆群体油分含量测定 |
| 2.1.3 数据分析方法 |
| 2.1.4 棉籽油分含量性状QTL定位 |
| 2.1.5 棉籽油分含量相关候选基因HSD1 的筛选 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 棉籽油分含量的测定数据 |
| 2.2.2 群体油分含量方差分析 |
| 2.2.3 油分含量性状QTL定位结果 |
| 2.2.4 稳定 QTL 候选基因的挖掘 |
| 2.3 讨论 |
| 第三章 候选基因HSD1 功能验证 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 试验材料 |
| 3.1.2 HSD1 系统发育树分析 |
| 3.1.3 陆地棉 GhHSD1 和海岛棉 GbHSD1 基因克隆 |
| 3.1.4 陆地棉 GhHSD1 和海岛棉 GbHSD1 亚细胞定位表达载体构建 |
| 3.1.5 陆地棉 GhHSD1 和海岛棉 GbHSD1 酿酒酵母表达载体构建与转化 |
| 3.1.6 转基因酵母阳性株的鉴定及诱导表达 |
| 3.1.7 酵母RNA的提取及q RT-PCR |
| 3.1.8 拟南芥表达载体构建 |
| 3.1.9 拟南芥的筛选与油分含量和脂肪酸各组分含量测定 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 GhHSD1和GbHSD1 基因克隆与序列分析 |
| 3.2.2 同源进化树分析和多重序列比对 |
| 3.2.3 GhHSD1和GbHSD1 亚细胞定位 |
| 3.2.4 转GhHSD1和GbHSD1 基因酵母油脂含量的变化 |
| 3.2.5 GhHSD1 基因对拟南芥油脂含量的影响 |
| 3.3 讨论 |
| 第四章 结论 |
| 参考文献 |
| 附录 A |
| 致谢 |
| 作者简历 |
（7）棉花陆海渐渗系群体的产量品质、抗黄萎病QTL挖掘及qVW-5-1的精细定位（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 主要符号对照表 |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 棉花黄萎病抗性研究进展 |
| 1.1.1 病原菌及为害 |
| 1.1.2 黄萎病侵染棉花的过程 |
| 1.1.3 棉花的防御反应 |
| 1.2 染色体片段渐渗系及QTL定位研究进展 |
| 1.2.1 染色体片段渐渗系的构建 |
| 1.2.2 染色体片段渐渗系的特点 |
| 1.2.3 染色体片段渐渗系用于定位的研究进展 |
| 1.3 转录组测序技术 |
| 1.3.1 高通量测序技术 |
| 1.3.2 转录组测序的过程 |
| 1.3.3 棉花黄萎病相关转录组学研究进展 |
| 1.4 本研究的目的和意义 |
| 第二章 陆海渐渗系MBI9626 纤维产量、品质和黄萎病抗性相关QTL的挖掘 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 亲本材料与群体构建 |
| 2.1.2 基因组DNA提取 |
| 2.1.3 分子标记的检测 |
| 2.1.4 数量性状的测定 |
| 2.1.5 统计分析和遗传图谱的构建 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 表型性状描述性分析 |
| 2.2.2 表型相关性分析 |
| 2.2.3 基因型分析 |
| 2.2.4 QTL定位分析 |
| 2.2.5 QTL簇的分布 |
| 2.3 讨论 |
| 2.3.1 染色体片段代换系群体适合QTL定位 |
| 2.3.2 稳定QTL的鉴定 |
| 2.3.3 增效基因的来源 |
| 2.3.4 QTL簇的加性效应方向 |
| 第三章 qVW-05-1 精细定位 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 定位区间的标记加密 |
| 3.1.2 重组单株的筛选 |
| 3.1.3 精细定位群体的构建与性状调查 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 qVW-05-1 区间加密 |
| 3.2.2 含qVW-05-1 片段的重组单株 |
| 3.2.3 qVW-05-1 精细定位 |
| 3.3 讨论 |
| 3.3.1 SSR标记在定位中的应用 |
| 3.3.2 黄萎病抗性的鉴定 |
| 3.3.3 统计功效 |
| 第四章 棉花黄萎病抗性转录组测序分析 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 实验材料 |
| 4.1.2 实验方法 |
| 4.2 结果与分析 |
| 4.2.1 RNA-seq测序质量 |
| 4.2.2 DEGs的筛选与分析 |
| 4.2.3 基因时序表达模式分析 |
| 4.2.4 候选基因的分析 |
| 4.3 讨论 |
| 4.3.1 抗病相关基因的表达调控 |
| 4.3.2 转录组测序辅助精细定位 |
| 4.3.3 候选基因分析 |
| 4.3.4 后期工作展望 |
| 第五章 全文结论 |
| 5.1 MBI9626 纤维产量、品质和黄萎病抗性相关QTL的挖掘 |
| 5.2 qVW-5-1 的精细定位 |
| 5.3 转录组分析 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 作者简历 |
（8）陆地棉GhHDA5和GhHDA6基因在棉花早熟性中的功能分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 植物开花的研究进展 |
| 1.1.1 花形态建成 |
| 1.1.2 开花调控途径 |
| 1.2 棉花早熟相关QTL和基因的研究进展 |
| 1.2.1 棉花早熟相关QTL定位 |
| 1.2.2 棉花早熟相关基因的克隆和功能验证 |
| 1.3 去乙酰化酶的研究进展 |
| 1.3.1 RPD3-type HDACs家族成员结构分析 |
| 1.3.2 RPD3 基因家族在植物生长发育过程中的作用 |
| 1.3.3 RPD3 家族基因在逆境胁迫中的作用 |
| 1.3.4 RPD3 家族基因在棉花中的研究 |
| 1.4 本课题研究意义 |
| 第二章 GhHDA6 基因的克隆和功能分析 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 群体构建和QTL-mapping |
| 2.1.2 候选基因鉴定 |
| 2.1.3 基因克隆和序列分析 |
| 2.1.4 构建载体 |
| 2.1.5 ProGhHDA6::GUS转基因拟南芥组织表达 |
| 2.1.6 启动子活性检测 |
| 2.1.7 亚细胞定位 |
| 2.1.8 过表达GhHDA6 转基因拟南芥开花表型 |
| 2.1.9 病毒诱导GhHDA6 基因沉默 |
| 2.1.10 自激活检测 |
| 2.1.11 酵母双杂交文库筛选及互作验证 |
| 2.1.12 双分子荧光互补(BiFC) |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 QTL-mapping |
| 2.2.2 候选基因功能注释 |
| 2.2.3 GhHDA6 基因的克隆与序列分析 |
| 2.2.4 GhHDA6 组织表达模式分析 |
| 2.2.5 启动子作用元件分析 |
| 2.2.6 启动子活性检测 |
| 2.2.7 GhHDA6 基因定位在细胞核 |
| 2.2.8 GhHDA6 过表达促进拟南芥开花 |
| 2.2.9 病毒诱导GhHDA6 基因沉默延迟棉花开花时间 |
| 2.2.10 自激活检测 |
| 2.2.11 筛选AD酵母文库质粒 |
| 2.2.12 GhHDA6 与候选基因在酵母细胞中的互作 |
| 2.2.13 双分子荧光互补 |
| 2.3 讨论 |
| 第三章 利用QTL-seq技术对陆地棉果枝始节位(NFFB)进行QTL定位和候选基因的鉴定 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 试验材料 |
| 3.1.2 极端表型的鉴定和两个DNA混池的构建 |
| 3.1.3 基因组DNA的提取和Illumina测序 |
| 3.1.4 原始数据过滤和测序质量检查 |
| 3.1.5 突变位点检测和QTL-seq分析 |
| 3.1.6 共定位和候选基因鉴定 |
| 3.1.7 实时荧光定量PCR(qRT-PCR) |
| 3.1.8 GhAPL和 GhHDA5 基因结构及蛋白序列分析 |
| 3.1.9 VIGS试验 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 极端表型鉴定和两个混池的构建 |
| 3.2.2 使用Illumina测序进行质量评估 |
| 3.2.3 突变位点检测及QTL-seq分析 |
| 3.2.4 QTL-seq分析和与以往研究的共定位 |
| 3.2.5 通过表达模式分析鉴定候选基因 |
| 3.2.6 GhAPL和 GhHDA5 基因结构及序列分析 |
| 3.2.7 棉花基因GhAPL和 GhHDA5 的沉默 |
| 3.3 讨论 |
| 第四章 棉花RPD3/HDA1 基因家族的全基因组鉴定和表达模式分析 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 试验材料 |
| 4.1.2 RPD3 家族成员的鉴定和蛋白序列提取 |
| 4.1.3 RPD3 蛋白的多重比对和系统发育分析 |
| 4.1.4 RPD3 基因在染色体上的分布、基因结构和保守基序分析 |
| 4.1.5 基因复制事件和选择压力 |
| 4.1.6 GhRPD3 基因启动子区的顺式元件分析 |
| 4.1.7 基因表达模式分析 |
| 4.1.8 RNA提取及荧光定量PCR(qRT-PCR) |
| 4.2 结果与分析 |
| 4.2.1 RPD3 基因家族在9 个物种中的鉴定 |
| 4.2.2 RPD3 基因家族的系统发育分析 |
| 4.2.3 外显子-内含子结构和保守结构域分析 |
| 4.2.4 染色体分布、基因复制和选择压力 |
| 4.2.5 GhRPD3 基因启动子区域顺式元件的分析 |
| 4.2.6 GhRPD3 基因在不同组织和非生物胁迫下的表达模式分析 |
| 4.2.7 在花芽分化过程中GhRPD3 基因的表达模式分析 |
| 4.2.8 GhRPD3 基因对MeJA和 ABA处理的响应 |
| 4.3 讨论 |
| 4.3.1 棉花RPD3 基因家族的系统发育、基因结构分析 |
| 4.3.2 陆地棉GhRPD3 基因的功能分析 |
| 第五章 结论 |
| 5.1 结论 |
| 5.2 展望 |
| 参考文献 |
| 附录 A |
| 致谢 |
| 作者简历 |
（9）CMS-D2细胞质和恢复基因的效应研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 主要符号对照表 |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 杂种优势 |
| 1.1.1 杂种优势的概念 |
| 1.1.2 棉花杂种优势表现 |
| 1.1.3 棉花杂种优势利用现状 |
| 1.1.4 棉花杂种优势利用途径 |
| 1.2 棉花细胞质雄性不育系的研究和利用 |
| 1.2.1 棉花细胞质雄性不育系的选育 |
| 1.2.2 棉花细胞质雄性不育机理研究 |
| 1.2.3 棉花细胞质雄性不育系的细胞质效应 |
| 1.3 棉花细胞质雄性不育恢复系的研究和利用 |
| 1.3.1 棉花细胞质雄性不育恢复系的选育 |
| 1.3.2 恢复基因效应 |
| 1.4 研究的目的与意义 |
| 第二章 材料与方法 |
| 2.1 试验材料 |
| 2.1.1 田间材料 |
| 2.2 实验试剂及耗材 |
| 2.3 实验仪器及设备 |
| 2.4 试验设计 |
| 2.5 实验方法 |
| 2.5.1 棉花叶片DNA提取 |
| 2.5.2 PCR反应体系 |
| 2.5.3 凝胶电泳检测 |
| 2.5.4 苗期生长参数 |
| 2.5.5 叶片光合作用参数 |
| 2.5.6 花粉量调查 |
| 2.5.7 花粉活力测定 |
| 2.5.8 花粉体外萌发 |
| 2.5.9 产量及纤维品质性状 |
| 2.6 数据统计分析 |
| 第三章 结果与分析 |
| 3.1 群体构建和纯度鉴定 |
| 3.2 CMS-D2不育胞质效应 |
| 3.2.1 不育胞质对棉花苗期生长性状的影响 |
| 3.2.2 不育胞质对棉花全生育期主茎功能叶光合生理指标的影响 |
| 3.2.3 不育胞质对高温胁迫下棉花花药发育状况的影响 |
| 3.2.4 不育胞质对棉花产量及其构成因素的影响 |
| 3.2.5 不育胞质对棉花纤维品质的影响 |
| 3.2.6 相关性分析 |
| 3.3 恢复基因效应 |
| 3.3.1 恢复基因对棉花苗期生长性状的影响 |
| 3.3.2 恢复基因对棉花全生育期主茎功能叶光合生理指标的影响 |
| 3.3.3 恢复基因对高温胁迫下棉花花药发育状况的影响 |
| 3.3.4 恢复基因对棉花产量及其构成因素的影响 |
| 3.3.5 恢复基因对棉花纤维品质的影响 |
| 第四章 讨论 |
| 4.1 不育胞质的效应 |
| 4.1.1 不育胞质对棉花光合作用与产量形成关系的影响 |
| 4.1.2 不育胞质对高温胁迫下棉花花药发育与产量形成关系的影响 |
| 4.1.3 哈克尼西棉不育胞质“三系”杂交种应用前景探讨 |
| 4.2 恢复基因的效应 |
| 4.2.1 恢复基因对棉花产量和纤维品质形成关系的影响 |
| 第五章 结论 |
| 参考文献 |
| 附录A |
| 致谢 |
| 作者简介 |
（10）棉花品种资源全生育期抗旱性评价及全基因组关联分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 主要符号对照表 |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 作物的抗旱性 |
| 1.1.1 作物抗旱类型 |
| 1.1.2 作物形态变化与抗旱性 |
| 1.1.3 作物生理变化与抗旱性 |
| 1.1.4 作物光合作用与抗旱性 |
| 1.1.5 棉花各生育期与抗旱性 |
| 1.1.6 作物抗旱指标筛选 |
| 1.1.7 作物抗旱性综合评价 |
| 1.2 全基因组关联分析 |
| 1.2.1 全基因组关联分析定义 |
| 1.2.2 全基因组关联分析的方法 |
| 1.2.3 全基因组关联分析在作物中的应用 |
| 1.3 本研究主要内容 |
| 1.3.1 研究目的及意义 |
| 1.3.2 研究内容 |
| 第二章 棉花品种资源全生育期抗旱性评价 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 试验材料 |
| 2.1.2 试验设计 |
| 2.1.3 测定内容与方法 |
| 2.1.4 指标计算 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 不同棉花品种(系)在干旱胁迫下主要农艺性状的变化 |
| 2.2.2 抗旱性指标分析 |
| 2.2.3 农艺性状主成分分析 |
| 2.2.4 抗旱性综合评价、聚类分析及抗旱性等级划分 |
| 2.2.5 抗旱性指数之间的灰色关联度分析 |
| 2.3 讨论 |
| 2.3.1 利用干旱胁迫的方法对棉花抗旱性指标进行筛选是可行的 |
| 2.3.2 棉花种质资源全生育期多指标相结合的抗旱性评价 |
| 2.3.3 抗旱性评价指标选择 |
| 2.3.4 不同棉花种质资源全生育期抗旱性评价 |
| 2.3.5 抗旱品种的选择应用应该服从生产需要 |
| 第三章 棉花全生育期抗旱性状的关联分析 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 实验材料 |
| 3.1.2 表型数据分析 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 系统发育分析和连锁不平衡分析 |
| 3.2.2 全基因组关联分析 |
| 3.2.3 抗旱性的最优单倍型 |
| 3.2.4 候选基因预测 |
| 3.3 讨论 |
| 3.3.1 抗旱全基因组关联分析 |
| 3.3.2 优良等位基因突变的应用 |
| 第四章 结论 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 作者简历 |
四、Mapping and Tagging the QTLs of Yield Traits (Gossypium hirsutum L. )with SSRs and RAPDs in Upland Cotton（论文参考文献）
- [1]棉籽油分和3种主要脂肪酸含量QTL分析[J]. 张艳波,王袁,冯甘雨,段慧蓉,刘海英. 作物学报, 2022(02)
- [2]基于BSA-seq技术的陆地棉（G.hirsutumL.）产量和品质性状的QTL定位[D]. 张小微. 新疆农业大学, 2021
- [3]棉花陆海渐渗系16号染色体纤维品质QTL精细定位与分子标记辅助选择[D]. 高玉洁. 新疆农业大学, 2021
- [4]利用棉花多亲本群体进行纤维品质相关性状定位[D]. 贾冰. 新疆农业大学, 2021
- [5]基于BSA-seq法的纤维衣分相关候选基因的鉴定[J]. 赵岩,冯加加,肖向辉,黄晋玲,卢全伟,渠云芳. 植物遗传资源学报, 2021(06)
- [6]陆海回交自交系群体油分含量QTL定位及候选基因GhHSD1的功能初步分析[D]. 边盈盈. 中国农业科学院, 2021(09)
- [7]棉花陆海渐渗系群体的产量品质、抗黄萎病QTL挖掘及qVW-5-1的精细定位[D]. 杨芮. 中国农业科学院, 2021
- [8]陆地棉GhHDA5和GhHDA6基因在棉花早熟性中的功能分析[D]. 张晶晶. 中国农业科学院, 2021(01)
- [9]CMS-D2细胞质和恢复基因的效应研究[D]. 左志丹. 中国农业科学院, 2021
- [10]棉花品种资源全生育期抗旱性评价及全基因组关联分析[D]. 李憬霖. 中国农业科学院, 2021(09)