一、DOWN-REGULATED EXPRESSION OF PTEN GENE AND LOH OF ITS EPIGENETIC MICROSATELLITES IN GASTRIC CARCINOMA（论文文献综述）
李文会[1]（2021）在《基于GEO和TCGA数据库构建胃癌预后风险模型及CTNNAL1基因表达与胃癌临床病理因素及预后的关系》文中进行了进一步梳理前言:胃癌是威胁人类健康的重要疾病之一,根据国际癌症机构（International Agency for Research on Cancer,IARC）的研究结果,2020年全球新发病例约108万,占全球所有恶性肿瘤的5.6%,胃癌死亡病例在全世界大约76.9万（占7.7%）。随着对胃癌的认识不断加深、癌症筛查的实施、诊断和治疗方案的不断改进,胃癌的发病率和死亡率在世界范围内已有下降趋势。但是,随着人口的增长及老龄化,胃癌的疾病负担依然严重。尽管手术、化疗、靶向治疗、免疫治疗等方法的应用,进展期胃癌患者的预后仍较差。因此寻找影响胃癌预后的关键基因及治疗靶点尤为重要。随着基因组学技术的发展,大量的肿瘤相关生物数据的出现,肿瘤生物信息学可以通过对癌症基因表达谱进行分析,对癌症发病机制进行分析。通过鉴定肿瘤生物标志物与肿瘤预后的关系,使得寻找可以作为癌症诊断、预测、预后及治疗的分子标志物变为可能,而且意义尤为重要。然而癌症作为一个多基因参与的复杂疾病,单个基因纵然可以作为潜在的预后标志物,但具有一定的局限性。基于对癌症多组学大数据的分析,利用有效的生物信息学分析方法可以发现多个基因组合的预后模型,这些模型可以应用于癌症病人的诊断、预后评估和治疗效果评价等方面。目的:应用生物信息学方法分析TCGA和GSE62254数据集,基于预后相关基因构建胃癌预后风险模型,分析预后风险模型与临床病理因素的关系,并针对预后风险模型中的基因CTNNAL1的表达特征与临床病理因素的关系和预后进行深入分析。研究方法:1、采用生物信息学方法分析TCGA中胃癌数据集和GSE62254数据集,发现了其共同的预后相关基因,利用R语言cluster Profiler包对预后相关基因进行功能富集分析。基于Lasso（the least absolute shrinkage and selection operator）-Cox算法,构建包含六个基因的预后风险模型。利用时间依赖的受试者工作特征曲线（time-dependent receiver operating characteristic curve,t ROC）评估预后风险模型。分析预后风险模型与临床病理因素的关系,基于多因素风险回归分析,构建包含预后风险模型和多个临床病理因素的诺模图（nomogram）。2、在TCGA数据库中下载33个肿瘤类型基因表达谱数据,分析CTNNAL1m RNA的表达与肿瘤患者预后的关系;分析TCGA数据库中的胃癌表达数据集及临床病理因素,根据CTNNAL1m RNA表达量的中位值将患者分为两组,通过卡方检验,比较高表达组与正常对照组织之间CTNNAL1表达水平的差异,分析各临床病理因素分组之间CTNNAL1m RNA的表达差异。利用R语言survminer包确定GSE62254胃癌数据集中CTNNAL1m RNA表达与患者预后的最佳cutoff值。然后将GSE62254中的300例胃癌患者根据最佳cutoff值分成CTNNAL1m RNA高表达和低表达两组。利用Kaplan-Meier法绘制生存曲线,log-rank检验比较两组之间的生存率;利用人类蛋白图谱HPA（the Human Protein Atlas）数据库分析CTNNAL1基因在人体各正常组织中的表达水平,利用单细胞测序数据分析CTNNAL1基因在细胞水平的表达特征;进一步在GSE134520（胃单细胞测序数据集）中分析CTNNAL1在胃组织中不同种类细胞中的表达;分析CTNNAL1基因的表达与间质细胞数量的相关性;通过基因集富集分析（GSEA,Gene set enrichment analysis）和蛋白蛋白相互作用（PPI,protein-protein interaction）网络预测CTNNAL1相关功能。3、免疫组化检测209例胃癌及其非癌胃粘膜组织中CTNNAL1蛋白的表达及178例胃癌组织中E-cadherin蛋白的表达,分析其与临床病理因素的关系和意义以及两者的相关性,蛋白表达与临床病理因素的关系采用卡方检验和kendall tau-b等级相关进行分析。结果:1、通过单因素Cox分析,TCGA胃癌数据集中与胃癌预后相关的基因共有1561个（P<0.05）,其中风险比（Hazard ratio,HR）>1的基因共1137个,HR<1的基因有424个。GSE62254数据集中与胃癌预后相关的基因共有5949个（P<0.05）,其中HR>1的基因有2913个,HR<1的有3036个。两个数据的预后相关基因共同的不良预后基因457个,良好的预后因素171个。不良预后因素KEGG信号通路明显富集在PI3K-Akt信号通路、Rap1信号通路、黏着斑、Ras信号通路、丝裂原活化蛋白激酶（mitogen-activated protein kinase,MAPK）信号通路、基底膜-受体相互作用等生物学通路。2、将TCGA和GSE62254中分析所得的共有预后相关基因代入Lasso-Cox回归模型,成功构建包含六个基因的预后风险模型,这六个基因分别是富脯氨酸蛋白15样（PRR15L,proline rich 15 like）、SP6转录因子（SP6,Sp6 transcription factor）、包含C2结构域蛋白8（CPNE8,copine 8）、神经菌毛素1（NRP1,neuropilin 1）、血小板源性生长因子样受体（PDGFRL,platelet derived growth factor receptor like）和α连环蛋白样1（CTNNAL1,catenin alpha like 1）。生存分析结果表明,风险评分高的胃癌患者生存率显着低于低风险组的患者。该模型预测的5年生存率AUC为0.754,结果表明该模型具有较好的预后评判价值。并在GEO数据库中验证了基于6个基因构建的预后风险模型具有一定的预后评判价值。3、根据胃癌预后风险模型评分分组,高风险组组织学分级更高,弥漫型胃癌中风险评分高于肠型胃癌Lauren分型,随着TNM分期的增加,高风险组的比例上升。4、将胃癌预后风险模型评分和临床病理因素（年龄、性别、组织学分级、lauren分型、T分期、N分期、M分期、MSI状态和是否进行放射治疗）纳入多因素Cox风险比例回归分析,建立了定量的诺模图用于预测胃癌患者的个体化生存时间。5、通过单因素Cox分析CTNNAL1m RNA表达与不同肿瘤类型的预后关系,发现CTNNAL1不仅在胃癌中与不良预后相关,在肾乳头状癌和低级别胶质瘤等也与肿瘤患者的不良预后有关。而在弥漫大B淋巴瘤和胸腺瘤等中,则与预后较好相关。6、HPA数据库显示CTNNAL1在人正常的肾上腺、卵巢、甲状腺、睾丸、肺脏、心肌中表达量较高。CTNNAL1基因在单细胞水平上,具有较低的细胞特异性,其中在滋养层细胞中表达量最高。内皮细胞和间质细胞中CTNNAL1的表达次之。胃单细胞测序数据集GSE134520的分析结果显示,CTNNAL1在多种细胞中存在表达,其中在内皮细胞和肿瘤细胞中表达较高。CTNNAL1基因表达与间质评分、肿瘤相关成纤维细胞数量和内皮细胞数量成正比。7、TCGA数据库中CTNNAL1 m RNA表达,在Lauren分型中,弥漫型胃癌的高表达率明显高于肠型胃癌（P=0.014）。组织学分级G3组中CTNNAL1 m RNA的高表达率高于G2组和G1组（P=0.023）,CTNNAL1m RNA表达在间质表型胃癌高于上皮表型（P<0.001）。GSE62254中CTNNAL1 m RNA高表达组胃癌患者生存率低于CTNNAL1m RNA低表达组（P<0.001）,CTNNAL1在弥漫型胃癌中的表达率明显高于肠型胃癌（P=0.010）。亚洲癌症研究组织（ACRG,Asian Cancer Research Group）胃癌分子分型中,MSS/EMT亚型CTNNAL1的m RNA表达高于其他亚型（P<0.001）。GSEA分析显示CTNNAL1基因与EPITHELIAL＿MESENCHYMAL＿TRANSITION（上皮间质转化）、MYOGENESIS（肌细胞生成）和TGF＿BETA＿SIGNALING（转化生长因子-β）信号通路相关。PPI网络分析显示CTNNAL1基因与细胞黏附、黏着连接等功能相关。8、免疫组织化学染色结果显示,胃癌组织中CTNNAL1蛋白高表达率显着高于非癌胃粘膜组织。CTNNAL1蛋白表达与胃癌组织学分级成弱等级相关（r=0.146,P=0.026）。Lauren分型中,弥漫型胃癌中CTNNAL1的表达显着高于肠型胃癌（P=0.008）。E-cadherin的缺失率在组织学分级G3组高于G1组和G2组,且与组织学分级呈弱等级相关（P<0.001,r=0.327）。Lauren分型中,弥漫型胃癌中E-cadherin的缺失率显着高于肠型胃癌（P<0.001）。但是,161例胃癌组织中CTNNAL1表达与E-cadherin表达未见明显相关性（P>0.05）。结论:1、本研究基于TCGA胃癌数据集和GSE62254数据集,得到了共同的预后不良相关基因457个,良好的预后基因171个。其中不良预后基因显着富集在PI3K-Akt信号传导通路、细胞外基质黏附等与癌症发生发展密切相关的通路。采用Lasoo-Cox回归模型,利用TCGA胃癌数据集,基于筛选得到的预后相关基因,构建了基于六个基因的胃癌预后风险模型。通过在多个GEO数据集的验证,证实该模型中的基因具有良好的预后预测价值。利用TCGA胃癌数据集中的临床病理资料和预后风险模型,构建了预测胃癌患者预后的诺模图。2、CTNNAL1基因与多种肿瘤的预后密切相关,有可能成为肿瘤预后评估的因子;CTNNAL1基因在多种组织中普遍表达,在单细胞层面,CTNNAL1基因在成间质细胞/成纤维细胞和内皮细胞表达较高。CTNNAL1在间质细胞/成纤维细胞和内皮细胞中的较高表达与胃癌不良预后相关,可能提示肿瘤微环境中成纤维细胞和/或内皮细胞的增多导致胃癌不良预后。3、胃癌组织中CTNNAL1的蛋白表达显着高于非癌胃粘膜组织;CTNNAL1在不同组织学类型的胃癌组织中表达具有异质性,CTNNAL1高表达与弥漫型胃癌和组织学分级相关。
杨倩[2]（2021）在《消化道肿瘤核心转录调控环的识别及其关键转录因子的功能鉴定》文中指出研究背景与目的:肿瘤流行病学调查结果表明,结肠癌、胃癌和食管癌是最常见的消化道恶性肿瘤。我国是消化道恶性肿瘤高发国,尤其是我国的西北和东部沿海地区,此三种消化道恶性肿瘤的发病率明显偏高。长期以来,消化道肿瘤一直缺乏早期诊断、预警癌细胞转移的分子标志物,免疫逃逸经常发生,机制不明,致使临床诊疗效果不佳。自1990年人类基因组计划启动,迄今已历30余年;期间,有关消化道肿瘤基因组学研究,积累了大量的高通量实验数据,对系统揭示消化道肿瘤恶性演进发展的分子机制,无疑会发挥重要的推动作用,同时也会对研究解决上述临床问题提供有效途径。基于此,本文从独特的角度出发,即通过高通量数据,识别并比较上述三种消化道恶性肿瘤中关键的转录因子及其转录调控环;预测MSS（Microsatellite stability）型结肠癌患者免疫逃逸发生的分子机制;以食管鳞癌为模型,在低通量实验中确证关键转录因子的功能作用;为寻觅研究解决上述临床问题的有效途径提供扎实的理论依据。材料与方法:首先,从公共数据库中搜集结肠癌、胃癌和食管腺癌的组蛋白H3K27乙酰化染色质免疫共沉淀测序数据（H3K27ac Ch IP-Seq）;食管鳞癌及其相对正常食管上皮组织样本的H3K27ac Ch IP-Seq数据来自于本实验室。其次,对所有样本的H3K27ac Ch IP-Seq数据进行质量控制分析,去接头,序列比对和峰位识别,筛选结肠癌、胃癌和食管癌组织中H3K27ac特异性修饰位点。再次,利用ROSE方法,识别每个肿瘤组织样本中活化的增强子和超级增强子,并进一步获得其关键转录因子。再者,利用Coltron方法,识别肿瘤组织样本中的核心转录调控环及其环中出现频率较高的转录因子;然后利用TCGA中的基因表达数据,筛选其中上调的转录因子。另外,在结肠癌中,识别MSS患者中高表达的关键转录因子,再根据转录因子的表达对样本进行分类,识别差异表达基因及其下游通路,最终筛选出与免疫浸润相关的转录因子,推测MSS患者免疫逃逸机制。最后,基于TCGA基因表达数据,识别在食管鳞癌中发挥重要作用的转录因子SREBF1（Sterol Regulatory Element Binding Transcription Factor 1）及其核心转录调控环,并通过细胞划痕和克隆形成等实验方法,确证SREBF1在食管鳞癌中的功能作用。实验结果:1)在结肠癌、胃癌和食管癌中,存在着大量的H3K27ac异常修饰位点。2)生物学通路富集分析结果显示,H3K27ac异常修饰位点靶基因相关生物学通路,主要涉及细胞代谢,同时还与肌动蛋白生物学功能密切相关。3)ROSE识别结果表明,在结肠癌、胃癌和食管癌中,H3K27ac异常修饰位点靶基因存在增强子和超级增强子,如ZNF608和KLF5等。4)通过Coltron方法进一步的识别结果表明,在结肠癌、胃癌和食管癌中,既有共有的核心转录调控环中的核心转录因子,如SOX9和HOXA13等,同时也有三者各自特异的核心转录调控环及其转录因子,如ASCL2（Achaete-Scute Family BHLH Transcription Factor 2）、FOXL1和ETS1等。5)食管腺癌中存在着较多特异的核心转录调控环及其转录因子,如ETS1（ETS proto-oncogene 1）和SMAD3（SMAD family member 3）等。6)HOX13（Homeobox protein Hox-A13）是胃癌和食管腺癌中核心转录调控环中共有的转录因子,说明胃癌和食管腺癌间存在着相似的H3K27ac修饰位点。7)转录因子ASCL2在MSS型结肠癌患者中显着异常高表达,与IFNα和IFNγ信号负相关。8)转录因子SREBF1介导TP63转录激活,参与食管鳞癌脂肪酸代谢调节;而SREBF1、TP63和KLF5构成核心转录调控环,相互协同调控转录,激活Erb B和m TOR等信号通路,促进脂肪酸、鞘磷脂和甘油磷脂的合成以及食管鳞癌细胞的生长和迁徙。主要研究结论:对应上述八个方面的实验结果,本文得出以下五点主要的研究结论:1)在结肠癌、胃癌和食管癌等消化道恶性肿瘤中,存在着大量的H3K27ac异常修饰位点,但不同的消化道恶性肿瘤之间,H3K27ac异常修饰位点有明显差异。2)与正常的组织样本相比,在结肠癌、胃癌和食管癌等消化道恶性肿瘤中,存在着肿瘤特异性上调表达的转录因子。3)结肠癌、胃癌和食管癌中,分别存在着各自特异的转录调控环及其转录因子所调控的生物学通路。4)在MSS型结肠癌中,ASCL2过表达能抑制IFN信号的激活,影响T细胞和淋巴细胞的招募,可能参与MSS型结肠癌患者的免疫逃逸。5)在食管鳞癌中,SREBF1、TP63和KLF5之间存在着共调控环,调控脂肪代谢相关基因的表达,参与m TOR等信号通路,促进食管鳞癌细胞的侵袭和移动。总之,本文从结肠癌、胃癌和食管癌等常见的消化道恶性肿瘤表观基因组高通量序列数据出发,探究了这些消化道恶性肿瘤在表观基因组上的共性和特性,不仅识别了此三种消化道恶性肿瘤中的增强子和超级增强子,同时也识别了这些恶性肿瘤中潜在的核心转录调控环及其转录因子;在此基础上,针对MSS型结肠癌患者免疫治疗反应差的问题,发现ASCL2作为相关核心转录因子,可能通过调控IFN信号,抑制免疫细胞浸润,进而影响免疫治疗疗效,为后续开发增敏MSS型结肠癌患者免疫疗法提供了新靶点;针对食管鳞癌,鉴定出重要转录因子SREBF1与TP63和KLF5存在共同调控,所形成的核心转录调控环,通过调控m TOR等信号通路,促进食管鳞癌的侵袭和转移,可为食管鳞癌诊疗提供新的分子标志物。因此,对结肠癌、胃癌和食管癌等常见的消化道恶性肿瘤而言,本文研究既有重要的理论意义,同时也有潜在的临床应用价值。
李亚[3]（2020）在《新加良附方调控miR-34a/SIRT1/p53及Caspase凋亡通路抑制胃癌的机制研究》文中研究表明我国是胃癌大国,中西医结合治疗是我国胃癌综合治疗的独特模式。临床实践证实采用新加良附方（高良姜、香附、穿山龙）联合化疗针对进展期胃癌较单纯化疗具有更高的临床缓解率和更优的生活质量。机制研究发现新加良附方抗胃癌作用与调控凋亡相关基因表达有关,但其上游调控机制尚未明确。基于前期基础,本研究拟从microRNA角度,深入探讨新加良附方及穿山龙主要成分薯蓣皂苷元对miR-34a/SIRT1/p53通路及miR-34a凋亡相关靶基因的调控作用和对凋亡信号通路的激活作用,明确新加良附方及薯蓣皂苷元的作用机制,为新加良附方治疗胃癌提供基础研究依据。目的通过体内外实验明确新加良附方及成分薯蓣皂苷元对人胃癌细胞功能的抑制作用,基于miR-34a/SIRT1/p53及Caspase凋亡通路,明确新加良附方及薯蓣皂苷元抗胃癌作用机制。方法1.新加良附方及薯蓣皂苷元抑制胃癌细胞功能作用及机制研究①新加良附方及薯蓣皂苷元抑制人胃癌细胞功能实验:CCK-8实验检测新加良附方及薯蓣皂苷元抑制胃癌细胞增殖的作用,流式细胞术检测新加良附方及薯蓣皂苷元对胃癌细胞周期及凋亡的调控作用,划痕实验检测新加良附方抑制胃癌细胞迁移作用;②新加良附方、薯蓣皂苷元调控miR-34a作用:qPCR检测正常胃黏膜上皮细胞及胃癌细胞miR-34a表达,慢病毒感染构建过表达mi R-34a的胃癌HGC-27细胞,CCK-8方法检测过表达miR-34a胃癌HGC-27细胞增殖功能,划痕实验检测过表达mi R-34a胃癌细胞迁移能力,并通过qPCR方法检测新加良附方、薯蓣皂苷元对miR-34a基因水平影响;③新加良附方、薯蓣皂苷元调控miR-34a抗胃癌作用机制研究:qPCR方法检测过表达miR-34a后HGC-27细胞miR-34a/SIRTl/p53通路及miR-34a靶基因表达水平,qPCR方法检测新加良附方、薯蓣皂苷元对miR-34a/SIRT1/p53通路、miR-34a靶基因及Caspase凋亡通路的作用,Western blot检测新加良附方、薯蓣皂苷元对Caspase凋亡通路作用。2.新加良附方及薯蓣皂苷元对裸鼠胃癌移植瘤抑制作用及机制研究BSP方法检测胃癌细胞miR-34a甲基化水平,并构建HGC-27胃癌细胞荷瘤小鼠模型,设正常对照组、模型组、新加良附方中剂量组、新加良附方高剂量组、薯蓣皂苷元组、5-Aza-CdR组、中剂量联合组及高剂量联合组,药物干预18天,观察裸鼠一般状态;测量移植瘤长短径,计算瘤体积和抑瘤率,观察裸鼠生存期;qPCR方法检测miR-34a表达情况;Western blot方法检测miR-34a/SIRT1/p53相关蛋白表达及Caspase凋亡通路情况。结果1.新加良附方及薯蓣皂苷元抑制胃癌细胞功能作用及机制研究新加良附方抑制人胃癌细胞功能实验:新加良附方呈浓度及时间依赖性地抑制HGC-27、MGC80-3及AGS细胞增殖;新加良附方提高G1期HGC-27细胞,降低G2期细胞;新加良附方可诱导HGC-27及MGC80-3细胞凋亡,其中诱导HGC-27细胞凋亡作用显着;与对照组比较,新加良附方组除24h 4mg/mL浓度外,其余各组均可抑制胃癌HGC-27细胞迁移功能,作用呈时间及浓度依赖性;新加良附方可显着抑制MGC80-3细胞迁移功能,作用呈时间依赖性,差异有统计学意义;各浓度新加良附方24h及48h均可抑制AGS细胞迁移;薯蓣皂苷元抑制人胃癌细胞功能实验:薯蓣皂苷元呈时间及浓度依赖性地抑制胃癌HGC-27、MGC80-3及AGS细胞增殖作用,差异有统计学意义;薯蓣皂苷元干预后胃癌细胞周期无明显改变;薯蓣皂苷元可诱导HGC-27及MGC80-3细胞凋亡,其中诱导HGC-27细胞凋亡作用显着;新加良附方及薯蓣皂苷元调控miR-34a作用:HGC-27、MGC80-3及AGS细胞中miR-34a相对表达量显着低于正常细胞GES-1,p<0.05;与阴性对照组相比较,过表达miR-34a后,HGC-27细胞增殖能力受到显着抑制,并可显着抑制其迁移能力;新加良附方及薯蓣皂苷元干预后,HGC-27及AGS细胞miR-34a表达水平升高,p<0.01;新加良附方及薯蓣皂苷元调控miR-34a抗胃癌作用机制研究:过表达miR-34a显着上调p53并下调SIRT1表达水平,可提高Bax及Caspase-3 mRNA表达水平,降低Bcl-2及Survivin的mRNA表达水平;新加良附方及薯蓣皂苷元干预可提高p53表达,降低SIRT1表达水平,并可上调Bax及Caspase-3的mRNA表达水平,降低Bcl-2及Survivin的mRNA表达水平,p<0.01,差异有统计学意义;Z-VAD-FMK可降低新加良附方及薯蓣皂苷元诱导的HGC-27细胞凋亡;新加良附方作用后可降低Caspase-9、Caspase-3前体水平,升高活化Caspase-3的表达水平;2.新加良附方及薯蓣皂苷元对裸鼠胃癌移植瘤抑制作用及机制研究胃癌细胞HGC-27在miR-34a各位点甲基化水平均较高,选取HGC-27细胞构建胃癌荷瘤小鼠模型,药物干预后观察到新加良附方中剂量组、新加良附方高剂量组、薯蓣皂苷元组及中剂量联合组、高剂量联合组裸鼠状态较好,反应灵敏,活动及饮食、饮水量正常,5-Aza-CdR组裸鼠一般状态较差。5-Aza-CdR组裸鼠体重于实验给药第8天后逐渐下降,第11天其体重低于新加良附方高剂量组,差异有统计学意义,第15天,其体重低于模型组、新加良附方高剂量组、薯蓣皂苷元组及高剂量联合组,p<0.05,第18天,其体重低于其余各组,p<0.05,差异有统计学意义。5-Aza-CdR组抑瘤率为32.08%,与模型组比较,p>0.05,差异无统计学意义,中剂量联合组抑瘤率为35.00%,高剂量联合组抑瘤率为37.18%,与模型组相比较,p<0.05,差异有统计学意义。模型组平均生存时间为46.33±10.50天,新加良附方中剂量组、新加良附方高剂量组、薯蓣皂苷元组、中剂量联合组及高剂量联合组裸鼠均未出现死亡现象,平均生存时间为57.00±0.00天,具有延长荷瘤裸鼠生存时间的趋势,5-Aza-CdR组裸鼠平均生存时间为40.33±7.37天,生存时间较模型组短。除新加良附方中剂量组外,其余各治疗组均可提高胃癌miR-34a表达,以联合组作用最为显着;新加良附方中剂量、高剂量、薯蓣皂苷元及高剂量联合组均可显着增加p53蛋白的表达,且药物干预各组均可显着抑制SIRT1 蛋白的表达,可降低 Bcl-2、Survivin 表达,并提高 Bax、Cleaved Caspase-3、Cleaved Caspase-9 及 Caspase-3 底物 Cleaved PARP 蛋白的表达。结论1.miR-34a表达水平异常与胃癌发生密切相关;2.新加良附方可抑制胃癌细胞增殖及迁移、调节细胞周期、诱导凋亡,其成分薯蓣皂苷元可抑制胃癌细胞增殖,并诱导胃癌细胞凋亡,机制可能与调控miR-34a/SIRT1/p53通路、miR-34a凋亡相关靶基因及激活Caspase凋亡通路相关;3.新加良附方联合5-Aza-CdR可抑制胃癌裸鼠移植瘤生长,并可改善裸鼠一般状态,有维持体重、延长其生存时间的趋势,机制可能与调控miR-34a/SIRT1/p53通路、miR-34a凋亡相关靶蛋白及Caspase凋亡信号通路相关。
张强[4]（2020）在《SAMD9L在家族性胃癌中作用的研究》文中研究表明胃癌是全球第三大癌症死亡原因,严重危害人类的生命健康。中国的胃癌病例数量约占全球的50%以上,并且胃癌的发病率和死亡率仍在逐年上升。虽然大多数胃癌病例是散发性的,但仍有约10%的病例表现为家族聚集,其中仅有部分家系的遗传易感原因是已知的,通常是由于基因突变引起的蛋白质功能缺失。在本研究中我们调查了1个胃癌家系,并且旨在鉴定该家系的胃癌易感基因。我们采集了该家系的外周血样本,选取其中的3例胃癌患者和1例正常样本进行全外显子组测序,并对测序数据进行了生物信息分析,共得到822905个SNV突变位点和208617个In Del突变位点。然后进行易感基因筛选,最终得到了12个SNV突变位点和9个In Del突变位点作为候选易感基因。其中SAMD9L在多种癌症中作为抑癌基因调控细胞增殖,而SAMD9L p.T832fs突变可能导致该基因功能缺失。我们在胃癌SGC-7901细胞中使用si RNA对SAMD9L进行敲减,发现SAMD9L基因表达水平的降低显着增强了SGC-7901细胞的增殖、迁移和侵袭能力。接下来在SGC-7901细胞中转染SAMD9L p.T832fs突变型过表达质粒,发现对SGC-7901细胞的增殖、迁移和侵袭能力没有明显影响。这些结果初步表明SAMD9L p.T832fs突变导致了抑癌基因SAMD9L的功能缺失,从而增加了突变携带者罹患胃癌的风险,因此SAMD9L可能是该胃癌家系的易感基因。
王艳丽[5]（2020）在《不同微卫星状态对胃癌免疫微环境的影响及其相关调控机制研究》文中提出研究背景及目的:微卫星不稳定（microsatellite instability,MSI）,是指由于在DNA复制时插入或缺失突变引起的微卫星序列长度改变的现象,常由错配修复（mismatch repair,MMR）系统功能缺陷引起。微卫星状态不同的实体瘤对免疫检查点抑制剂药物响应率方面有显着差异,提示微卫星状态对肿瘤免疫微环境具有重要影响。肿瘤微环境（tumor microenvironment,TME）是由肿瘤细胞、常驻和招募的宿主细胞（与癌症相关的成纤维细胞和免疫细胞）、以及上述细胞的分泌产物（如细胞因子和趋化因子）和细胞外基质中的非细胞成分组成。肿瘤微环境中的淋巴细胞又称为肿瘤浸润淋巴细胞（简称TILs）,包括T细胞、B细胞和自然杀伤性细胞（NK细胞）,在肿瘤免疫中发挥重要作用。研究发现,处于肿瘤微环境中的TILs的抗肿瘤活性远远低于远离肿瘤周围的淋巴细胞。造成这种差异的原因是肿瘤免疫抑制性微环境,它不仅会让周围的细胞产生免疫抑制,同时还会帮助肿瘤细胞逃避免疫攻击。肿瘤免疫抑制性微环境主要是由肿瘤细胞产生的免疫抑制分子、基质成分和免疫抑制性细胞及相关免疫抑制性细胞因子构成。其中主要的免疫抑制性细胞分别为:肿瘤相关巨噬细胞、骨髓来源的抑制性细胞、调节性T细胞、肿瘤相关成纤维细胞。而免疫细胞因子主要包括TGF-β、IL-10、PD1/PDL1等免疫检查点分子及外泌体等。深入探讨肿瘤免疫微环境,为破解肿瘤细胞与免疫细胞之间的相互作用提供了重要的线索。胃癌仍然是健康的主要威胁,是世界范围内的第五大常见恶性肿瘤,位于癌症死因第三位。目前采取手术治疗为主,并辅以放疗、化疗、靶向和免疫治疗,但仍有部分患者临床预后较差。基于基因改变的精准治疗已在多种癌症治疗中获得成功,越来越引起人们的广泛关注。作为4种分子亚型之一,MSI胃癌具有一系列独特的分子改变,从而使其在发病机制、临床特征、治疗反应和预后方面具有独特的特征。目前,MSI胃癌免疫相关基因的系统分析尚未见报道,对肿瘤微环境中肿瘤细胞与免疫细胞之间的相互作用尚未阐明。本研究旨在探讨不同微卫星状态胃癌微环境中免疫细胞和基因的相关性及可能的调控机制,为解释不同微卫星状态胃癌的发病机制、寻找新的分子标志物和研究新的药物靶点提供实验依据及理论参考。研究方法:第一部分不同微卫星状态胃癌组织中浸润的免疫细胞及其相关基因整合分析1、数据集的下载与整合:我们从TCGA公开的数据库下载胃癌的分子分型数据集,mRNA表达谱数据集和免疫细胞数据集。将以上3个数据集进行整合,剔除没有完整信息的患者。将胃癌样本的ID作为唯一识别码重新编码。本研究最终纳入267例胃癌,其中包含209例MSS胃癌和58例MSI胃癌。2、不同微卫星状态胃癌中浸润的差异免疫细胞（DICs）分析:胃癌整合数据集中包含34种免疫细胞的相对数值,利用SPSS软件比较免疫细胞在MSI和MSS两组间的差异。3、筛选差异表达基因（DEGs）:使用R package TCGA biolinks中edge R方法对MSI和MSS胃癌患者组织中基因mRNA表达进行分析,筛选出DEGs（FDR<0.01和log FC绝对值大于或者等于2）。4、功能（GO）和途径富集（KEGG）分析:通过KEGG pathway、GO Biological Processes、Reactome gene Sets、Canonical Pathways和CORUM进行网络分析并使用Cytoscape可视化。5、蛋白质相互作用（PPI）网络分析:检索相互作用基因（STRING）数据库工具用于评估DEGs之间的交互关系。交互作用综合得分>0.4被认为是显着的。6、统计学分析:所有统计采用R软件和SPSS软件进行,正态分布变量采用student t检验,非正态分布变量采用Mann Whitney U检验,利用SPSS软件的χ2检验或Fisher确切概率法分析免疫细胞与临床病理学特征之间的相关性,利用Kaplan-Meier进行生存分析,P<0.05为差异有统计学意义。第二部分不同微卫星状态胃癌间质浸润免疫细胞与差异表达基因的相关性及其与临床病理学特征和预后的关系1、研究对象:回顾性收集2012年1月至2018年12月在中国医科大学和锦州医科大学附属第一医院进行原发性胃癌手术切除的215例患者。临床病理资料包括年龄、性别、病理组织学类型、浸润深度、淋巴结转移、脉管癌栓及TNM分期等,均来源于病历、病理报告或出院小结。该研究得到了中国和锦州医科大学临床研究伦理委员会的批准。本研究的所有参与者均获得了书面知情同意。2、免疫组化染色:采用SP法进行免疫组化染色。3、免疫组化染色结果判定标准:（1）微卫星状态评估:每一张病理切片先在低倍镜下选取抗体（MLH1、PMS2、MSH2和MSH6）阳性染色区,然后置于高倍镜下进行观察。MLH1、PMS2、MSH2和MSH6均定位于胃癌细胞核,呈黄色或棕黄色颗粒为表达阳性,肿瘤细胞核不着色为缺失,4种蛋白均表达阳性判为MSS,一种或多种蛋白表达缺失判为MSI;（2）PD1和PDL1表达评估:PD1定位于胃癌间质免疫细胞（标记为PD1）的细胞膜和/或细胞质,PDL1定位于胃癌细胞（标记为PDL1[T]）以及胃癌间质免疫细胞（标记为PDL1）的细胞膜和/或细胞质。每个样本随机选择10个高倍视野（HPF,400x）,每个视野下计数100个肿瘤细胞或免疫细胞,计算阳性染色细胞比例,取其平均数作为该指标在该样本中的阳性表达率。PD1和PDL1阳性染色细胞至少为全部肿瘤细胞或间质浸润免疫细胞的1%定义为染色阳性;（3）CD8和CD68表达评估:每个样本随机选10个HPF（肿瘤中心及侵袭前沿各5个）,计数每个HPF下阳性染色细胞数,取其平均数代表整个样本的阳性染色细胞数,计算CD8和CD68平均数的中位数,其中CD8的中位数为72.3,CD68的中位数为43.2。以此中位数为界值分为高密度组和低密度组再进行统计学分析。4、统计学分析:所有统计分析均采用SPSS 23.0进行。MSI、CD8/CD68和PD1/PDL1与临床病理学特征之间的相关性分析使用χ2检验或Fisher确切概率法。生存分析采用Kaplan-Meier分析和log-rank检验。采用Cox比例危险模型进行单因素和多因素分析。P<0.05为有统计学意义。第三部分PMS2缺失与胃癌临床病理学特征的相关性及其过表达对胃癌细胞生物学行为的影响及其可能的作用机制1、PMS2缺失与胃癌临床病理学特征的相关性:研究病例信息采集详见第二部分1。2、PMS2过表达对胃癌细胞生物学行为的影响及其可能的作用机制。（1）筛选PMS2低表达胃癌细胞系,构建与PMS2免疫组化抗体蛋白同一转录本基因序列的过表达质粒（含阴性对照）,利用质粒转染技术构建PMS2过表达的胃癌细胞模型。（2）利用CCK-8实验结果绘制生长曲线,利用real-time PCR技术检测反映增殖指标的表达情况,评估PMS2过表达对胃癌细胞增殖能力的影响。（3）利用real-time PCR技术检测反映凋亡指标的表达情况,以此观察PMS2过表达对胃癌细胞凋亡的影响。（4）利用划痕实验评价PMS2过表达对胃癌细胞迁移能力的影响。（5）利用Transwell方法和real-time PCR技术检测反映侵袭指标的表达情况,评价PMS2过表达对胃癌细胞侵袭能力的影响。（6）利用real-time PCR技术检测反映胃粘膜分化指标的表达情况,评估PMS2过表达对胃癌细胞分化能力的影响。3、统计学分析:所有统计分析使用SPSS软件完成。通过stuent t检验和Mann-Whitney U检验评估组间差异的显着性,PMS2与临床病理因素之间的相关性分析使用χ2检验或Fisher确切概率法。生存分析采用Kaplan-Meier分析。P<0.05为有统计学意义。结果:第一部分不同微卫星状态胃癌组织中浸润的免疫细胞及其相关基因整合分析1、不同微卫星状态胃癌中浸润的差异免疫细胞及其与临床病理学特征的相关性分析:（1）不同微卫星状态胃癌中浸润的差异免疫细胞（DICs）分析:34种免疫细胞中有12种具有显着性差异;与MSS胃癌相比,MSI胃癌中7种免疫细胞显着上调,包括T Cells CD8、Macrophages M1、IFN gamma Response、Th2 Cells、Mast Cells Activated、NK Cells Activated和T Cells CD4 Memory Activated;5种免疫细胞显着下调,包括TGF beta Response、B Cells Na（?）ve、Mast Cells Resting、Monocytes和Plasma Cells。（2）12种差异免疫细胞与临床病理学特征的相关性分析:在MSI胃癌组,Macrophages M1在高分化胃癌多见;IFN-gamma Response和Mast Cells Resting在无淋巴结转移胃癌常见;Mast Cells Activated在有淋巴结转移胃癌常见;T Cells CD4Memory Activated在≤60岁胃癌常见。而在MSS胃癌组,Macrophages M1在T3+T4胃癌常见;T Cells CD8、TGF-beta Response和Mast Cells Resting均在弥漫型、低分化和T3+T4胃癌常见;Th2 Cells、Mast Cells Activated和T Cells CD4 Memory Activated在肠型和高分化胃癌常见;IFN-gamma Response在T3+T4胃癌常见;Plasma Cells在肠型胃癌常见。2、不同微卫星状态胃癌差异表达基因的筛选及其GO和KEGG富集分析:（1）筛选差异表达基因（DEGs）:不同微卫星状态胃癌中共有75个DEGs,包括CD274,PDCD1,MYC,AQP2,ASCL1等。在MSI胃癌中,除了CD274,PDCD1,PDCD2,MYC,QRSL1,RNASE2,SEMG1和TRIM69 mRNA表达显着上调外,其它基因的mRNA表达均显着下调。（2）DEGs的GO和KEGG分析:上述75个DEGs主要集中在以下集群:胰液分泌、体液免疫反应、内分泌相关（NEUROG3+）祖细胞基因表达的调控、激素水平调节和蛋白质消化吸收、NABA微粒体相关、区域化、基质金属蛋白酶激活和B/2类（分泌素家族受体）等。3、不同微卫星状态胃癌浸润的差异免疫细胞与差异表达基因的相关性分析:（1）不同微卫星状态胃癌浸润的DICs与DEGs的相关性分析:不同微卫星状态胃癌的75个DEGs中除了FGF3,FGF19,WIFI和RBPJL外,其他71个基因与12种DICs均具有显着相关性。（2）DICs相关的DEGs的GO和KEGG分析:以上71个DEGs主要集中在激素水平的调节、体液免疫反应、区域化、细胞金属离子稳态和细胞分泌的调节等方面;12种DICs相关的DEGs及其富集的集群之间具有显着的交叉重叠。（3）71个DEGs的PPI网络分析:通过STRING进行网络分析发现,以上71个DEGs的蛋白之间存在相互作用。4.不同微卫星状态对胃癌预后的影响:生存分析显示,微卫星状态对胃癌预后未见显着影响。第二部分不同微卫星状态胃癌间质浸润免疫细胞与差异表达基因的相关性及其与临床病理学特征和预后的关系1、胃癌组织中微卫星状态的判定及其与临床病理学特征的相关性:根据MLH1、PMS2、MSH2和MSH的免疫组化结果,本研究在215例胃癌中检测到46例MSI胃癌,占21.4%。其中,MLH1和PMS2同时缺失为10例,占MSI的21.7%;PMS2总缺失共32例,占MSI的69.6%;MLH1总缺失共16例,占MSI的34.8%;MSH2缺失共1例,占MSI的2.1%;MSH6缺失共7例,占MSI的15.2%。2、不同微卫星状态胃癌组织中CD8+T/CD68+M细胞密度的差异:MSI胃癌组织中CD8+T/CD68+M细胞密度均高于MSS胃癌。3、不同微卫星状态胃癌组织中PD1/PDL1蛋白表达的差异:MSI胃癌组织中PD1/PDL1蛋白表达均高于MSS胃癌。4、不同微卫星状态胃癌组织中CD8+T/CD68+M细胞密度与PD1/PDL1蛋白表达的相关性:MSI胃癌中CD8+T细胞密度与PD1蛋白表达相关;MSS胃癌中CD68+M细胞密度与PDL1蛋白表达显着相关。5、不同微卫星状态胃癌组织中不同部位CD8+T/CD68+M细胞密度与PD1/PDL1蛋白表达的相关性分析:在MSI胃癌侵袭前沿,CD8+T细胞高密度与PD1蛋白表达显着相关。在MSS胃癌肿瘤中心及侵袭前沿,CD68+M细胞高密度与PDL1蛋白表达显着相关。6、胃癌组织中CD8+T/CD68+M细胞密度和PD1/PDL1蛋白表达与临床病理学特征的相关性:CD68+M高密度在老年（>60岁）患者多见,而且随着TNM分期的增加而增加;PDL1[T]和PDL1阳性在T3+T4浸润、有淋巴结转移和有脉管癌栓患者中均多见;而CD8+T细胞密度和PD1蛋白表达与临床病理学特征无显着的相关性。7、胃癌组织中CD8+T/CD68+M细胞密度与PD1/PDL1蛋白表达与预后的关系:MSI、PD1阳性、PDL1[T]阴性和PDL1阴性胃癌患者预后较好。Cox多因素分析显示,MSI、CD8+T细胞密度、PDL1[T]、TNM分期、浸润深度和脉管癌栓均是胃癌的独立预后因素。第三部分PMS2缺失与胃癌临床病理学特征的相关性及其过表达对胃癌细胞生物学行为的影响及其可能的作用机制1、PMS2缺失与胃癌临床病理学特征的相关性:（1）PMS2缺失与女性、老年（>60岁）、TNM分期（Ⅰ+Ⅱ期）、无淋巴结转移和无脉管癌栓显着相关。（2）生存分析显示PMS2缺失胃癌患者预后优于阳性表达患者（p=0.069）。2、PMS2过表达对胃癌细胞生物学行为及其可能的调控机制（1）筛选PMS2低表达胃癌细胞系:利用real-time PCR和Western Blot检测七种胃癌细胞系中PMS2 mRNA和蛋白的表达,结果发现AGS和HGC27细胞中表达较低,选为实验用胃癌细胞系。（2）瞬时转染建立PMS2过表达胃癌细胞模型:构建与PMS2免疫组化抗体蛋白同一转录本基因序列的过表达质粒（含阴性对照）,然后转染至AGS和HGC27细胞（AGSOE和HGC27OE）,对照组转染阴性对照质粒（AGSNC和HGC27NC）。通过real-time PCR及Western blot实验检测证实PMS2过表达胃癌细胞模型构建成功。（3）PMS2过表达对胃癌细胞增殖的影响:CCK-8实验发现PMS2过表达后AGS和HGC27细胞增殖能力降低。Real-time PCR检测增殖标志物Ki-67及PCNA mRNA表达。统计分析发现,PMS2过表达后AGS和HGC27细胞Ki-67 mRNA表达均显着降低（p=0.034和0.015）;PMS2过表达后HGC27细胞PCNA mRNA表达水平显着降低（p=0.002）,而AGS细胞没有统计学意义（p=0.634）。（4）PMS2过表达对胃癌细胞凋亡的影响:Real-time PCR检测AGS和HGC27细胞PMS2过表达前后凋亡标志物Cytochrome C及TFAR mRNA表达。统计分析发现,PMS2过表达后AGS和HGC27细胞Cytochrome C及TFAR mRNA表达均显着升高（p值分别为0.001,0.008,0.049和0.003）。（5）PMS2过表达对胃癌细胞迁移的影响:划痕实验表明PMS2过表达对AGS和HGC27细胞的迁移能力无显着影响。（6）PMS2过表达对胃癌细胞侵袭的影响:Transwell实验表明PMS2过表达对AGS和HGC27细胞侵袭能力无影响;Real-time PCR检测细胞迁移能力的标志物nm23及MMP9 mRNA表达无明显变化。（7）PMS2过表达对胃癌细胞分化的影响:Real-time PCR检测AGS和HGC27细胞分化成熟标志物Vimetin、SOX2、E-cadherin和CDX2 mRNA表达。统计分析发现,PMS2过表达后AGS和HGC27细胞SOX2 mRNA表达均显着下降（p值分别为0.012和0.002）。结论:1、不同微卫星状态胃癌微环境中的免疫细胞和基因均具有显着差异。DICs不仅与临床病理学特征相关,而且与DEGs显着相关。DICs相关的DEGs集中在不同的生物学过程和通路,而且DICs相关的DEGs之间及其富集的集群之间存在交叉重叠。不同微卫星状态胃癌的DEGs可能通过影响微环境中免疫细胞的类型和功能从而改变胃癌细胞的临床生物学行为,最终导致了不同的临床结局。2、MSI胃癌组织中CD8+T/CD68+M细胞密度和PD1/PDL1蛋白表达均高于与MSS胃癌。不同微卫星状态胃癌微环境中CD8+T/CD68+M细胞密度与PD1/PDL1蛋白表达相关,尤其在侵袭前沿,它们可能参与了胃癌的免疫逃逸并影响了免疫治疗的疗效。MSI、PD1阳性、PDL1[T]和PDL1阴性胃癌患者预后较好,Cox多因素分析显示,CD8+T细胞密度、PDL1[T]均是胃癌预后的独立预后因素,可作为预后标志物。3、PMS2缺失与女性、老年（>60岁）、TNM分期（Ⅰ+Ⅱ期）、无淋巴结转移和无脉管癌栓等临床病理学特征显着相关。生存分析显示PMS2缺失胃癌患者预后较好。PMS2过表达后胃癌细胞增殖能力下降;凋亡能力显着升高;迁移和侵袭无明显变化;分化标志物SOX2 mRNA表达显着下降,提示PMS2可能主要通过影响胃癌细胞的增殖或凋亡来影响胃癌发生发展。
张宇[6]（2020）在《circDIDO1在胃癌发展中的作用及机制研究》文中指出目的:研究circRNA分子在胃癌组织中的表达情况,验证差异表达的circRNA,筛选出目标分子;建立circDIDO1检测方法,明确其与胃癌临床特征相关性,为胃癌预后及疗效判断提供新的分子标志物;研究circDIDO1对胃癌细胞增殖、迁移、侵袭和凋亡的影响;探讨circDIDO1参与胃癌发展的确切分子机制,为胃癌提供新的治疗靶点。方法:1、搜索GEO数据库中胃癌组织和血浆circRNA芯片结果进行生物信息学分析,筛选出胃癌组织中差异表达的circDIDO1分子。采用实时荧光定量PCR技术对筛选出来的circDIDO1分子进行验证。并对目标circDIDO1分子进行表征分析和临床病理资料相关性分析。2、采用病毒载体转染胃癌细胞进行circDIDO1过表达实验,采用小干扰RNA转染胃癌细胞进行circDIDO1基因敲减实验。采用细胞生长曲线实验检测circDIDO1对胃癌细胞增殖能力的影响;采用流式细胞术检测circDIDO1对胃癌细胞凋亡的影响;采用transwell迁移实验检测circDIDO1对胃癌细胞迁移能力的影响;采用基质胶侵袭实验检测circDIDO1对胃癌细胞侵袭过程的影响。构建裸鼠皮下瘤模型和转移瘤模型,检测circDIDO1体内对胃癌生长和转移的影响。采用免疫组化实验检测circDIDO1对胃癌细胞增殖和迁移指标表达的影响。3、采用RNA FISH技术检测circDIDO1在胃癌细胞中的定位。采用TRAP实验和质谱分析,检测circDIDO1结合的关键蛋白质分子。采用FISH/IFC技术检测circDIDO1与蛋白的共定位。采用过表达及敲减实验检测互作蛋白的细胞生物学功能,通过qPCR和Western blot技术检测circDIDO1对结合蛋白表达水平的影响。利用catRAPID预测circDIDO1和蛋白的结合域,并构建截短体进行验证。检测过表达或敲减circDIDO1对结合蛋白下游的信号通路的影响。4、采用RIP实验检测circDIDO1是否能与AGO2蛋白结合。采用CircInteractome和StarBase V2.0预测可能与circDIDO1结合的miRNA分子。构建circDIDO1双荧光素酶报告基因载体,合成miRNA mimics,将circDIDO1报告基因载体和miRNA mimics共同转染293T细胞,检测miRNA对报告基因活性的调控作用。构建miRNA结合位点突变的circDIDO1报告基因载体,进一步验证circDIDO1与miRNA的结合位点。采用miRNA mimics转染胃癌细胞,检测miRNA对胃癌细胞生物学功能的影响,采用回补（rescue）实验进行验证。结果:1、circDIDO1在胃癌组织中显着低表达,circDIDO1低表达与肿瘤大小、远端转移和预后不良相关。circDIDO1定位于20号染色体DIDO1基因上,由DIDO1基因的2-6号外显子的线性转录本经反向剪切形成。采用circDIDO1特异性引物进行PCR实验时,PCR产物仅能从cDNA模板中扩增出来,不能从gDNA模板中扩增出来。circRNA表征分析结果显示,circDIDO1可以抵抗RNase R消化。2、采用慢病毒载体介导circDIDO1过表达实验,结果显示过表达circDIDO1抑制胃癌细胞增殖和克隆形成。此外,过表达circDIDO1还可以抑制胃癌细胞的迁移和侵袭。相反,采用siRNA干扰胃癌细胞中circDIDO1表达,则促进胃癌细胞增殖、克隆形成、迁移和侵袭。体内裸鼠皮下瘤和转移瘤实验结果显示,过表达circDIDO1可以抑制胃癌细胞生长和转移。3、RNA原位杂交结果显示,circDIDO1在细胞质和细胞核都有分布。TRAP实验和质谱结果显示,circDIDO1可与PRDX2蛋白特异性结合。过表达circDIDO1后,PRDX2蛋白水平显着下调,且不改变PRDX2 mRNA水平。FISH/IFC结果显示,circDIDO1和PRDX2蛋白在胃癌细胞中有共定位现象。circDIDO1可促进PRDX2蛋白的泛素化降解。采用蛋白酶体抑制剂MG-132处理胃癌细胞后,PRDX2蛋白质降解受到抑制。采用放线菌酮（CHX）抑制蛋白合成,结果显示,过表达circDIDO1的胃癌细胞中PRDX2蛋白半衰期明显变短。4、RIP实验结果显示,circDIDO1能够与RISC复合物核心成分AGO2蛋白结合。通过荧光素酶报告基因实验筛选发现miR-1307-3p具有较强抑制circDIDO1荧光素酶报告基因活性的作用。qRT-PCR结果表明miR-1307-3p过表达抑制circDIDO1表达水平,提示circDIDO1在胃癌中的低表达可能与miR-1307-3p介导的基因沉默有关。此外,细胞功能学实验还发现miR-1307-3p过表达促进胃癌细胞增殖、迁移和侵袭,回补circDIDO1明显抑制miR-1307-3p的促肿瘤作用。结论:胃癌患者肿瘤组织中低表达的circDIDO1水平与胃癌大小、远端转移相关,其低表达提示患者预后不良,可作为胃癌预后分子标志物;circDIDO1通过促进PRDX2泛素化降解,抑制了PRDX2下游的ERK和β-catenin信号通路活化,进而抑制了c-Myc、CyclinD1等癌基因的转录;circDIDO1受上游miR-1307-3p调控,胃癌中高表达的miR-1307-3p下调了circDIDO1的表达。
张雅静[7]（2020）在《胃癌癌变过程分子特征的研究 基于免疫组预测鼻咽癌远处转移的研究》文中研究表明该博士学位论文由相对独立的两部分工作组成,其中第一部分分为两章。第一部分胃癌癌变过程分子特征的研究第一章利用肠型胃癌癌前病变组织及早期胃癌组织基因表达谱深度剖析肠型胃癌癌变过程中重要分子特征的研究肠型胃癌具有明确的、多阶段的组织学演变过程。迄今为止,没有研究综合性地探索过胃癌癌变的整个过程。本课题中,我们试图探索肠型胃癌癌变过程中的特征,识别其中包含的预后信息。我们入组了 47位患者的94个样本,包括胃癌癌前病变组织（GPL:低级别上皮内瘤变（LGIN）和高级别上皮内瘤变（HGIN）组织）、早期胃癌组织（EGC）和各自配对的对照组织,并对每个样本进行了安捷伦芯片检测。结果发现,相比于EGC组织,LGIN和HGIN组织的表达谱更加接近,HGIN相对于LGIN组织出现潜在的侵袭特性,而EGC组织中免疫微环境的活跃性显着高于GPLs组织。肠型胃癌癌变过程中,活性异常的肿瘤特征数量逐渐增多,病变组织胃上皮细胞的干细胞特性显着高于对照组织中。肠型胃癌癌变过程中包含了许多与胃癌患者总生存和无病生存显着相关的基因特征集,这些基因特征集对胃癌患者生存的预测效能显着高于已经建立的基因集模型。此外,在肠型胃癌癌变过程中持续低表达和持续发生差异共表达的基因GSTM2,与胃癌患者的耐药性相关。总之,在肠型胃癌癌变过程中,类似胃癌中发生的变化在LGIN阶段已经发生,并且在HGIN和EGC组织中进一步累积。HGIN相对于LGIN组织获得潜在的侵袭特性,而EGC中的免疫微环境活跃性显着高于癌前病变组织。肠型胃癌癌变过程中识别到的基因特征集对胃癌患者生存的预测具有强健的效能。第二章时间进展性肠型胃癌癌前病变组织及癌组织多组学测序的研究胃癌的基因组异常分子事件（基因突变、拷贝数变异和基因融合等）已被大体描绘,但是它们的发生顺序依旧未知。胃癌是一种复杂的异质性疾病。本课题中,我们入组两位胃疾病患者,对同一患者、不同时间点采集的相对正常胃粘膜组织、低级别上皮内瘤变（LGIN）组织、高级别上皮内瘤变（HGIN）组织和胃癌（GC）组织,以及外周血白细胞进行全基因组、全外显子组和转录组的多组学测序。我们发现,正常胃粘膜组织中存在一定量的基因突变、拷贝数变异和基因融合等事件,但不存在驱动基因的突变,癌前病变组织（GPLs）中出现驱动基因的突变。癌前病变组织中各类基因组分子事件与胃癌中相似。在胃癌癌变过程中,拷贝数变异事件可能发生在基因突变之前。此外,我们还检出了可能在胃癌癌变中发挥重要作用的高频突变基因SVEP1。第二部分基于免疫组预测鼻咽癌远处转移的研究迄今为止,尚无适合所有鼻咽癌患者来预测远处转移的外周血生物标志物。外周血T淋巴细胞受体序列库（TCR repertoire）已经在多种癌种中实现了生存的预测。我们通过高通量测序检测非远处转移性（nM group,n=21）和治疗后发生远处转移（M group,n=19）的鼻咽癌患者治疗前和治疗后外周血中的TCR repertoire,并且比较了 nM组和M组患者间TCR repertoire的动态变化,探索了 TCR repertoire对鼻咽癌患者治疗后发生远处转移的预测价值。我们发现,在nM和M两组中,治疗后top10%和top100克隆的累积频率均显着升高,TCR repertoire的丰富度和均衡性均显着降低。但是,无论是在整个TCR repertoire中还是在重叠克隆中,nM组中大克隆比例增加量均显着高于M组。M组患者治疗后TCR repertoire的多样性显着降低,而nM组则没有。更重要的是,TCR repertoire多样性升高（log rank test:p=0.036）、治疗前和治疗后样本间TCR repertoire的相似性高（log rank test:p=0.014）与较好的无远处转移生存相关。对于TCR repertoire多样性降低的鼻咽癌患者,治疗前后TCR repertoire的相似性仍然具有强健的无远处转移预测效能。总之,治疗对非远处转移性和治疗后发生远处转移的鼻咽癌患者的TCR repertoire的组成产生不同的影响。TCR repertoire多样性的动态变化和TCR repertoire组成的相似性可以作为所有鼻咽癌患者的无创的无远处转移生存预测指标。
汪文杰[8]（2020）在《长链非编码RNA CASC19在胃癌中的作用和机制研究》文中研究表明背景和目的:胃癌（Gastric cancer,GC）是世界上最常见的消化道恶性肿瘤之一,其发病率和死亡率分别位于全球癌症的第四位和第五位。中国的GC发病率和死亡率占到了全世界一半以上。总的来说,GC的发生是遗传因素和环境因素交互作用的结果。目前,手术切除仍然是GC治疗的主要方式。在中国,通常超过80%的患者在初诊时就被诊断为进展期GC,术后5年生存率不到30%。尽管近年来在GC的治疗方面取得了很大的进步,但GC患者的生存率仍然很低。因此,亟需寻找GC新的分子生物标记物和特异的治疗靶点。随着高通量测序技术的发展,以往被认为是转录“噪音”和“垃圾”的长链非编码RNA（Long non-coding RNA,lncRNA）引起了许多科学家的关注。研究发现lncRNA具有高度的组织特异性,并且参与了肿瘤细胞的多种生物学过程。此外,lncRNA可以通过表观遗传修饰、转录调控、转录后调控等多种方式参与肿瘤的发生和发展。尽管lncRNA在GC的研究中仍然属于探索阶段,但还是发现了一些lncRNA可能在GC的病变过程中起关键作用,这也为GC的诊断和治疗提供了新思路。因此,lncRNA具有成为GC诊断生物标记物和治疗靶标的巨大潜力。本研究选择lncRNA癌症易感候选物19（Cancer susceptibility candidate 19,CASC19）作为研究对象,CASC19位于被称为基因沙漠的染色体8q24.21区域,目前在GC中的功能未见报道。我们前期对癌症基因组图谱（The Cancer Genome Atlas,TCGA）数据库进行深入挖掘,发现CASC19在GC中上调,并且与GC的浸润深度、TNM分期、远处转移和总体生存期（Overall survival,OS）显着相关。然后,利用cDNA末端快速扩增（Rapid amplification of cDNA ends,RACE）实验获得了CASC19在GC细胞中存在的717bp全长序列,并通过UCSC确认这是个新的转录本。我们在临床样本,细胞模型和动物模型中对CASC19在GC中作用和调控机制进行一系列实验验证,以期为GC的诊断和治疗提供参考。研究方法:1.通过TCGA数据库获取了375位GC患者的RNA测序和临床性状数据,利用加权基因共表达网络分析（Weighted gene co-expression network analysis,WGCNA）和差异基因表达分析相结合的方法,筛选与GC进展和预后相关的lncRNA。然后,分析目的lncRNA表达与临床病理参数和预后的关系。最后,进行基因集富集分析（Gene set enrichment analysis,GSEA）探索lncRNA相关的信号通路。2.收集了联勤保障部队第九四〇医院普通外科和兰州大学第一医院肿瘤外科从2019年9月1日至2020年1月30日手术切除的80对新鲜GC组织和癌旁对照组织。利用实时荧光定量PCR（Real-time Quantitative PCR,qRT-PCR）检测CASC19在GC组织和癌旁对照组织中的表达水平,并分析CASC19的表达与患者临床病理参数之间的关系以及与下游靶基因NPM1的相关性。采用受试者工作特征（Receiver operator characteristic,ROC）曲线评估CASC19在GC诊断中的意义。3.采用qRT-PCR检测CASC19在人GC细胞系（AGS,BGC-823,MGC-803,HGC-27和MKN-45）和正常胃粘膜上皮细胞系（GES-1）中的表达水平。采用RACE实验鉴定CASC19在GC细胞中的全长序列。制备CASC19 shRNA和过表达慢病毒,shRNA慢病毒感染MKN-45和BGC-823细胞,过表达慢病毒感染HGC-27和AGS细胞,用qRT-PCR检测敲减和过表达效率。采用CCK-8实验、细胞克隆形成实验和EdU细胞增殖实验检测CASC19对GC细胞增殖能力的影响。采用细胞划痕实验、Transwell迁移和侵袭实验检测CASC19对GC细胞迁移和侵袭能力的影响。采用流式细胞术和蛋白质免疫印迹（Western Blot,WB）实验检测CASC19对GC细胞凋亡的影响。采用WB实验检测CASC19对上皮间质转换（Epithelial-mesenchymal transition,EMT）相关蛋白E-cadherin,Vimentin和N-cadherin表达的影响。4.用带有Luciferase标签的CASC19 shRNA慢病毒和MKN-45细胞构建稳转细胞株。选用4-5周龄BALB/c-nu雄性裸鼠用于动物实验,将10只裸鼠随机分为sh-CASC19组和sh-NC组两个组,每组5只。将两组细胞注射于裸鼠肩胛下构建裸鼠皮下移植瘤模型,每天测量肿瘤体积,期间利用小动物活体成像仪监测肿瘤生长状态。饲养4周处死裸鼠,取下肿瘤后一半用10%中性福尔马林溶液固定,另一半放入液氮罐保存。采用qRT-PCR实验检测移植瘤中HDAC1和NPM1mRNA的表达。采用IHC实验和WB实验检测移植瘤中Ki-67,PCNA,HDAC1和NPM1蛋白的表达。5.通过基因芯片技术检测CASC19敲减后下游功能基因的表达,进而鉴定CASC19可能调控的下游靶基因,并结合创新途径分析（Ingenuity pathway analysis,IPA）软件进行经典通路分析,上游调控分析,疾病和功能分析,调控效应分析和相互作用网络分析。然后选择30个差异表达的基因（Differentially expressed gene,DEG）进行qRT-PCR验证。6.通过核质分离实验来确定CASC19在GC细胞中的亚细胞定位。采用RNA pull-down实验检测与CASC19相互作用的蛋白质。采用RNA纯化染色质分离（Chromatin Isolation by RNA Purification,ChIRP）实验检测与CASC19同时作用的蛋白质和基因,分别用质谱分析（Mass spectrometry,MS）和测序（Sequencing,Seq）鉴定下游蛋白质和基因。采用WB实验检测RNA pull-down洗脱产物中HDAC1蛋白的表达。采用RNA结合蛋白免疫沉淀（RNA-binding protein immunoprecipitation,RIP）实验来反向验证HDAC1蛋白与CASC19的相互作用。采用HDAC1的染色质免疫共沉淀（Chromatin immunoprecipitation,ChIP）实验检测与HDAC1相互作用的基因。采用ChIP-qPCR实验验证HDAC1与NPM1启动子的结合。采用双荧光素酶报告基因实验验证CASC19和HDAC1同时与NPM1启动子的结合。采用ChIP-qPCR实验验证MYC与CASC19启动子的结合。研究结果:1.通过WGCNA方法确定CASC19作为核心lncRNA用于接下来的分析和验证。CASC19在TCGA数据库GC样本中上调,其过表达与T分期（P=0.034）,TNM分期（P=0.022）和淋巴结转移（P<0.001）显着相关。CASC19过表达GC患者的OS明显短于CASC19低表达的患者（P=0.015）。Cox分析显示CASC19过表达是影响GC患者OS的独立危险因素（HR=1.524,95%CI=1.003-2.316,P=0.049）。GSEA分析显示CASC19过表达引起变化的下游大多数基因富集在癌症相关信号通路和经典信号通路上。2.CASC19在GC组织中显着上调,其表达量是癌旁对照组织中的4.2倍。CASC19表达与GC肿瘤大小（P<0.001）,浸润程度（P=0.011）,TNM分期（P<0.001）和淋巴结转移（P=0.003）呈正相关。CASC19的结合蛋白HDAC1在GC组织中上调,而CASC19的下游靶基因NPM1在GC组织中下调,并且NPM1的表达与CASC19负相关（R=-0.361,P=0.001）。相对于癌旁对照组织,HDAC1mRNA和蛋白在GC组织中过表达,而NPM1 mRNA和蛋白在GC组织中低表达。CASC19在ROC曲线下的面积（Area under the curve,AUC）为0.952（95%CI:0.920-0.984,P?<?0.0001）,提示CASC19对GC的诊断效果较好。3.CASC19在人GC细胞系中表达上调,其在GC细胞中的全长为717bp。UCSC网站、CPAT工具和ORFfinder网站均显示CASC19不具备蛋白质编码能力。shRNA慢病毒在MKN-45和BGC-823细胞中成功下调CASC19的表达,过表达慢病毒在AGS和HGC-27细胞中成功上调CASC19的表达。CASC19下调会抑制MKN-45和BGC-823细胞的增殖、迁移和侵袭能力,而促进MKN-45和BGC-823细胞的凋亡。相反,CASC19上调会促进HGC-27和AGS细胞的增殖、迁移和侵袭能力,而抑制HGC-27和AGS细胞的凋亡。此外,CASC19下调后MKN-45和BGC-823细胞中抗凋亡蛋白Bcl-2和间质蛋白Vimentin和N-cadherin表达降低,而凋亡蛋白Casepase-3,Casepase-7和Casepase-9以及上皮蛋白E-cadherin表达升高。CASC19上调后HGC-27和AGS细胞中Bcl-2,Vimentin和N-cadherin蛋白表达升高,而Casepase-3,Casepase-7,Casepase-9和E-cadherin蛋白表达降低。4.sh-CASC19组裸鼠皮下移植瘤的体积和重量明显小于sh-NC组,HE染色发现sh-NC组肿瘤细胞出现的核体积增大、核分裂像增多、瘤巨细胞等恶性增殖现象明显多于sh-CASC19组。Ki-67和PCNA蛋白在sh-CASC19组移植瘤中的表达水平明显低于sh-NC组。HDAC1 mRNA和蛋白在sh-CASC19组移植瘤中的表达水平与sh-NC组无显着差异。NPM1 mRNA和蛋白在sh-CASC19组移植瘤中的表达水平明显高于sh-NC组。5.CASC19敲减引起1,433个DEG上调,369个DEG下调。IPA分析显示CASC19可能与THBS1和TGFBR2作用,进而影响GC细胞的增殖和凋亡。选择30个DEG进行qRT-PCR验证,与芯片实验结果一致。6.CASC19主要分布于GC细胞核内,提示CASC19可能通过表观遗传调控起作用。RNA pull-down和ChIRP-MS实验确定了96个与CASC19可能结合的蛋白,生物信息学预测到CASC19与组蛋白修饰蛋白HDAC1之间存在结合区域。WB和RIP实验证明HDAC1可直接与CASC19结合,上下调CASC19后HDAC1mRNA和蛋白的表达没有显着差异,证明HDAC1不受CASC19的调控。ChIRP-seq和HDAC1的ChIP-seq实验确定了281个HDAC1与CASC19在基因组上可能共同调控的基因。生物信息学分析表明NPM1基因启动子区域出现peak-calling峰,提示CASC19可能结合在NPM1启动子上。ChIP-qPCR实验发现下调CASC19降低了HDAC1与NPM1启动子的结合。上下调CASC19和HDAC1,qRT-PCR和WB实验证明NPM1受CASC19和HDAC1的调控。双荧光素酶报告基因实验确认CASC19通过招募HDAC1共同结合到NPM1启动子上,从而抑制NPM1的表达。此外,ChIP-qPCR实验表明MYC可结合在CASC19启动子上,qRT-PCR实验证明MYC增加CASC19的表达。结论:本课题通过挖掘TCGA数据库,发现位于染色体8q24.21区域的lncRNA CASC19在GC中上调,并且与GC的进展和预后相关。通过RACE发现CASC19在GC细胞中存在717bp的长度。我们在GC细胞系,GC临床样本和动物模型中对CASC19进行了一系列体外体内验证,证明了CASC19在GC中是一个癌基因。CASC19主要分布于GC细胞核内。在机制上,CASC19通过募集HDAC1至NPM1的启动子区域,使NPM1的启动子区域组蛋白去乙酰化,抑制了NPM1的转录活性,从而降低进NPM1的表达。此外,我们还发现CASC19在上游受到转录因子MYC的调控。我们的研究发现了CASC19通过表观修饰抑制NPM1表达的一种新机制,为更好地理解lncRNA在GC中的作用和机制增加了新的证据。CASC19有望成为GC潜在的诊断标志物和治疗靶点。
翟淑亭[9]（2020）在《抑癌基因eIF4EBP3对胃癌增殖和肝脏转移的影响及机制研究》文中进行了进一步梳理研究目的胃癌是全球最常见的恶性肿瘤之一,2018年统计确诊的胃癌新发病例就超过100万例。在中国胃癌的发病率和死亡率均高居恶性肿瘤的第2位。胃癌发病隐匿,不易早期发现,预后极差。抑癌基因的表观遗传异常是胃癌发生的重要机制之一,尤以DNA甲基化最为普遍。DNA甲基化修饰是导致抑癌基因失活的主要原因之一。筛选出因表观遗传改变而失活的抑癌基因,明确其作用机理,将有助于了解胃癌发生发展,为将来的临床诊治研究提供方向。通过高通量甲基化芯片检测,我们发现eIF4EBP3是胃癌中的甲基化基因。然而,尚未有研究探讨eIF4EBP3在胃癌发生发展中的作用。因此,我们通过本研究明确其在胃癌中的变化及机制。研究方法首先在公共数据库集中进行生物信息学分析,比较eIF4EBP3在胃癌组织和正常组织中的表达水平和启动子区甲基化状态,以及胃癌细胞株中eIF4EBP3的表达水平。RT-PCR、Western blot验证胃癌细胞株中eIF4EBP3的表达。通过MSP和BGS检测eIF4EBP3的甲基化状态;免疫组化检测胃癌组织中eIF4EBP3的表达水平,并评估其蛋白表达与临床特征及预后的相关性。建立稳定转染的单克隆细胞株,进行体外细胞功能实验,探讨eIF4EBP3对胃癌细胞增殖、迁移、侵袭、细胞周期等的影响,以及下游通路调控的分子机制。通过裸鼠皮下成瘤模型和胃癌肝转移模型实验来进一步验证eIF4EBP3在体内对胃癌增殖和肝转移的影响。质谱筛选eIF4EBP3的下游靶点,并且验证其相互关系及在胃癌发生发展中的作用。研究结果eIF4EBP3在胃癌细胞系（6/7）和胃癌组织中（p<0.001）表达水平降低甚至沉默,而在这些表达降低或沉默由启动子DNA甲基化导致。151例胃癌临床标本中,eIF4EBP3在63例（41.7%）阴性表达,34例（22.5%）弱表达,癌旁正常组织中,22例（14.6%）阴性表达,41例（27.1%）弱表迖,二者有显着性差异（p<0.001）。eIF4EBP3表达与胃癌患者TNM分期（p=0.038）、病理学分级水平（p=0.009）显着相关。Kaplan-Meier生存曲线结果显示,eIF4EBP3高表达胃癌患者术后总体5年生存率显着高于低表达患者（p<0.001）。单因素COX回归分析发现,肿瘤TNM分期（III和IV期）（p<0.001）和eIF4EBP3表达（p=0.003）均与患者生存预后相关。eIF4EBP3可以作为预测胃癌患者预后的生物学标记物。建立稳定转染eIF4EBP3的胃癌细胞株后,通过体内外试验发现,eIF4EBP3抑制胃癌细胞的增殖、传代、迁徙和转移,并将细胞阻滞在G1期;eIF4EBP3能够抑制胃癌细胞皮下成瘤能力和肝脏转移能力。LS-MS/MS筛选出下游目标基因β-catenin。IHC和WB证实二者表达存在负相关性。生物素RNA pulldown实验证实eIF4EBP3通过抑制eIF4E介导的β-catenin的翻译下调β-catenin的蛋白水平,进而通过其下游效应分子如CDK1、Slug等抑制胃癌的增殖和迁移侵袭能力及肝脏转移。回补实验发现过表达β-catenin逆转了eIF4EBP3对胃癌细胞增殖和迁徙转移抑制。研究结论我们首次确认eIF4EBP3在胃癌中是一个抑癌基因,其在胃癌中表达沉默或降低。eIF4EBP3启动子甲基化是导致其沉默或降低的原因。eIF4EBP3通过抑制eIF4E介导的β-catenin的翻译下调β-catenin的蛋白水平,进而抑制胃癌的增殖和迁移侵袭能力及肝脏转移。eIF4EBP3表达水平可以用来判断原发性胃癌的生存预后。因此,我们提出eIF4EBP3可作为胃癌患者判断预后的新型肿瘤标志物。
刘超[10]（2019）在《FTO（Fat Mass and Obesity Associated）基因在尤文肉瘤发生发展中的生物学功能研究》文中认为研究目的及背景:尤文肉瘤是一种高度侵袭性的恶性肿瘤,在青少年中发病率较高,由于其转移早,易复发,预后较差,严重危害青少年健康。多项研究表明,FTO（Fat Mass and Obesity Associated）基因与m6A甲基化修饰密切相关,在乳腺癌、胃癌、急性髓性白血病（AML）等多种肿瘤中均有过表达,并且参与了多种肿瘤的发生、发展、侵袭和转移,是未来靶向治疗研究的重要热点。而FTO在尤文肉瘤中的表达及其与尤文肉瘤恶性生物学行为的关系尚未见文献报道。磷酸酶和张力蛋白同源物（PTEN）作为一种典型的肿瘤抑制因子在尤文肉瘤中的作用亦鲜有报道。本研究通过探究FTO基因在尤文肉瘤中的表达情况,对尤文肉瘤细胞生物学功能的影响和潜在作用机制,及PI3K/AKT信号通路中抑癌基因PTEN是否参与调控FTO对尤文肉瘤生物学行为的影响,为尤文肉瘤的治疗寻找合适的靶点提供实验依据。研究方法:通过Realtime-qPCR检测尤文肉瘤肿瘤组织及瘤旁组织、尤文肉瘤细胞系和成骨细胞中FTO及PTEN的表达差异情况。构建稳转FTO过表达与敲减尤文肉瘤细胞系,并经Realtime-qPCR与Western印迹法验证细胞系构建的稳定性。采用CCK-8实验、划痕实验、Transwell实验分别检测过表达或者敲低FTO后,尤文肉瘤细胞系增殖、迁移及侵袭能力的变化。经Realtime-qPCR与Western印迹法检测FTO过表达与敲减尤文肉瘤细胞系中PTEN的表达情况。采用m6A特异性抗体的免疫共沉淀实验检测FTO过表达与敲减尤文肉瘤细胞系中PTEN的mRNA甲基化修饰水平,并通过转录抑制实验检测PTEN的mRNA的稳定性变化。PTEN回复后采用CCK-8实验检测其对FTO过表达尤文肉瘤细胞系增殖能力的影响结果:尤文肉瘤肿瘤组织及尤文肉瘤细胞系中FTO的表达量显着高于瘤旁对照组织及成骨细胞中的表达,而PTEN则相反,二者呈负相关。FTO过表达的尤文肉瘤细胞在72小时增殖能力、相对迁移距离以及侵袭细胞数均较尤文肉瘤细胞系即对照组显着提高,而FTO过表达尤文肉瘤细胞中PTEN的mRNA及蛋白表达水平,mRNA甲基化修饰水平、mRNA稳定性均有所下降。FTO敲减的尤文肉瘤细胞在72小时增殖能力、相对迁移距离以及侵袭细胞数均较尤文肉瘤细胞系即对照组显着降低,PTEN的mRNA及蛋白表达水平、mRNA甲基化修饰水平、mRNA稳定性均有所提高。PTEN回复后FTO对尤文肉瘤细胞的增殖促进作用被逆转,差异均有统计学意义。结论:FTO在尤文肉瘤中表达上调与尤文肉瘤的发生、发展有关。上调FTO表达可以促进尤文肉瘤细胞的增殖,迁移和侵袭,而下调FTO表达则取得相反的结果。该基因可能通过影响PTEN的mRNA甲基化修饰对尤文肉瘤的增殖起到促进作用。
二、DOWN-REGULATED EXPRESSION OF PTEN GENE AND LOH OF ITS EPIGENETIC MICROSATELLITES IN GASTRIC CARCINOMA（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、DOWN-REGULATED EXPRESSION OF PTEN GENE AND LOH OF ITS EPIGENETIC MICROSATELLITES IN GASTRIC CARCINOMA（论文提纲范文）
（1）基于GEO和TCGA数据库构建胃癌预后风险模型及CTNNAL1基因表达与胃癌临床病理因素及预后的关系（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 英文缩略语 |
| 第一部分:基于TCGA和 GEO数据库寻找胃癌预后基因并构建预后风险模型的研究 |
| 1 前言 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.1.1 TCGA数据库中胃癌数据 |
| 2.1.2 GEO数据库胃癌基因表达谱 |
| 2.2 实验方法 |
| 2.2.1 分析流程 |
| 2.2.2 TCGA胃癌数据集的生存分析 |
| 2.2.3 GSE62254 生存分析 |
| 2.2.4 基因功能富集分析 |
| 2.2.5 构建胃癌预后风险模型及模型评估 |
| 2.2.6 胃癌预后风险模型与临床病理相关因素的关系 |
| 2.2.7 胃癌预后风险模型与临床病理相关因素构建诺模图 |
| 3 结果 |
| 3.1 TCGA胃癌数据集和GSE62254 数据集的单因素Cox分析胃癌预后相关基因及功能富集分析 |
| 3.2 构建胃癌预后风险模型及模型评估 |
| 3.3 胃癌预后风险模型与TCGA胃癌临床病理因素的关系 |
| 3.4 胃癌预后风险模型与临床病理因素构建诺模图 |
| 3.5 胃癌预后风险模型相关基因 |
| 4 讨论 |
| 5 结论 |
| 第二部分:TCGA、HPA和 GEO等数据库中CTNNAL1 与肿瘤预后的关系及其表达特征 |
| 1 前言 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 CTNNAL1 表达与TCGA33 种肿瘤生存预后分析 |
| 2.2 TCGA胃癌数据中CTNNAL1 的表达与临床病理因素的关系 |
| 2.3 GSE62254中CTNNAL1 的表达与胃癌临床病理因素及预后的关系 |
| 2.4 HPA数据库中CTNNAL1 的表达特征 |
| 2.5 GSE134520 单细胞测序数据分析CTNNAL1 基因在不同细胞的表达 |
| 2.6 CTNNAL1 基因与肿瘤微环境中细胞数量的相关性 |
| 2.7 CTNNAL1 基因集富集分析GSEA(Gene set enrichment analysis) |
| 2.8 CTNNAL1 基因蛋白质-蛋白质相互作用(protein-proteininteraction,PPI)网络及功能富集分析 |
| 3 结果 |
| 3.1 CTNNAL1 TCGA-pan Cancer预后分析 |
| 3.2 TCGA数据库中CTNNAL1 m RNA在胃癌中的表达 |
| 3.3 TCGA数据库中CTNNAL1 m RNA表达与临床病理因素的关系及意义 |
| 3.4 GSE62254中CTNNAL1m RNA表达与胃癌预后及临床病理因素的关系 |
| 3.5 HPA数据库中CTNNAL1 的表达特征 |
| 3.5.1 CTNNAL1 在人体各组织中的表达水平 |
| 3.5.2 CTNNAL1在sc RNA-seq单细胞基因测序数据中的表达 |
| 3.6 GSE134520 单细胞测序数据分析CTNNAL1 基因在不同细胞的表达 |
| 3.7 CTNNAL1 基因表达在间质细胞数量的相关性 |
| 3.8 GSEA分析CTNNAL1 相关信号通路 |
| 3.9 CTNNAL1 基因PPI网络及功能富集分析 |
| 4 讨论 |
| 5 结论 |
| 第三部分:胃癌组织中CTNNAL1 表达与临床病理因素的关系 |
| 1 前言 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 主要试剂和仪器 |
| 2.2 研究对象 |
| 2.3 免疫组织化学染色与结果判定 |
| 2.4 统计分析 |
| 3 结果 |
| 3.1 临床病理资料 |
| 3.2 CTNNAL1 在细胞、非癌胃粘膜组织和胃癌中的表达 |
| 3.3 胃癌组织CTNNAL1 蛋白表达与临床病理因素的关系 |
| 3.4 E-cadherin表达与胃癌临床病理因素的关系及意义 |
| 3.5 CTNNAL1 表达与E-cadherin表达的相关性分析 |
| 4 讨论 |
| 5 结论 |
| 附录 |
| 本论文创新性的自我评价 |
| 参考文献 |
| 综述 CTNNAL1 与肿瘤关系的研究进展 |
| 参考文献 |
| 攻读学位期间取得的研究成果 |
| 致谢 |
| 个人简介 |
（2）消化道肿瘤核心转录调控环的识别及其关键转录因子的功能鉴定（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 缩略语表 |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 引言 |
| 1.2 消化道肿瘤的分类 |
| 1.3 消化道肿瘤的诊断标志物 |
| 1.4 消化道肿瘤中特异的转录因子 |
| 1.5 消化道肿瘤的表观基因组特征 |
| 1.6 消化道肿瘤中的超级增强子和核心转录调控环 |
| 1.7 研究意义和基金来源 |
| 1.7.1 研究意义 |
| 1.7.2 基金来源 |
| 第二章 消化道肿瘤中特异转录因子的鉴定与比较研究 |
| 2.1 引言 |
| 2.2 研究方案与技术路线 |
| 2.3 数据与方法 |
| 2.3.1 实验数据 |
| 2.3.2 ChIP-Seq测序技术 |
| 2.3.3 ChIP-Seq数据预处理 |
| 2.3.4 序列比对方法 |
| 2.3.5 标记重复序列 |
| 2.3.6 去除异常和非结构化序列 |
| 2.3.7 H3K27ac绑定位点识别 |
| 2.3.8 差异peaks和样本聚类分析 |
| 2.3.9 H3K27ac可视化峰值 |
| 2.3.10 转录因子motifs识别 |
| 2.3.11 peaks注释 |
| 2.3.12 通路富集分析 |
| 2.4 结果 |
| 2.4.1 消化道肿瘤存在异常H3K27ac信号 |
| 2.4.2 消化道肿瘤中转录因子motifs的鉴定 |
| 2.4.3 三种消化道肿瘤中异常转录因子的鉴定及其生物学通路 |
| 2.5 讨论 |
| 第三章 消化道肿瘤中核心转录调控环的识别与比较研究 |
| 3.1 引言 |
| 3.2 研究方案与技术路线 |
| 3.3 数据与方法 |
| 3.3.1 数据来源 |
| 3.3.2 构建.gff文件 |
| 3.3.3 识别增强子和超级增强子 |
| 3.3.4 识别核心转录调控环 |
| 3.3.5 计算转录因子富集得分 |
| 3.4 结果 |
| 3.4.1 结直肠癌中的增强子和超级增强子 |
| 3.4.2 胃癌中的增强子和超级增强子 |
| 3.4.3 食管腺癌中的增强子和超级增强子 |
| 3.4.4 食管鳞癌中的增强子和超级增强子 |
| 3.4.5 结肠癌核心转录调控环中的转录因子及其表达特征 |
| 3.4.6 胃癌核心转录调控环中的转录因子及其表达特征 |
| 3.4.7 食管腺癌核心转录调控环中的转录因子及其表达特征 |
| 3.4.8 不同消化道肿瘤核心转录因子中共有或特异的转录因子 |
| 3.4.9 不同消化道肿瘤中异常的生物学过程 |
| 3.5 讨论 |
| 第四章 微卫星稳定型结直肠癌核心转录调控环与免疫逃逸关联性研究 |
| 4.1 引言 |
| 4.2 研究方案 |
| 4.3 数据与方法 |
| 4.3.1 实验数据 |
| 4.3.2 TCGA biolinksR包下载TCGA数据 |
| 4.3.3 筛选差异表达的超级增强子 |
| 4.3.4 GSEA通路富集分析 |
| 4.3.5 相关性分析 |
| 4.3.6 关键转录因子在TCGA多种癌症样本中的突变 |
| 4.3.7 消化道肿瘤中ASCL2的表观修饰 |
| 4.4 结果 |
| 4.4.1 微卫星稳定型结肠癌中异常的master TFs |
| 4.4.2 ASCL2和ETV4 抑制免疫相关生物学功能 |
| 4.4.3 ASCL2和ETV4 高表达抑制T细胞浸润特征基因表达 |
| 4.4.4 ASCL2和ETV4与T细胞浸润程度相关 |
| 4.4.5 ASCL2在微卫星稳定型结直肠癌细胞中特异性表达 |
| 4.4.6 ASCL2表达与干扰素应答信号负相关 |
| 4.4.7 ASCL2在微卫星稳定型结直肠癌中高表达引发的免疫逃逸机制 |
| 4.5 讨论 |
| 第五章 食管鳞癌中SREBF1核心转录调控环的识别及其功能鉴定 |
| 5.1 引言 |
| 5.2 研究方案 |
| 5.3 数据与方法 |
| 5.3.1 实验数据 |
| 5.3.2 TCGA biolinksR包下载TCGA数据 |
| 5.3.3 筛选差异表达基因 |
| 5.3.4 GSEA通路富集分析 |
| 5.3.5 高通量测序原始数据处理 |
| 5.3.6 4C与H3K27ac重叠区域的motifs分析 |
| 5.3.7 表观基因组基因共定位分析 |
| 5.3.8 其他生物信息学方法 |
| 5.3.9 功能实验方法 |
| 5.4 结果 |
| 5.4.1 SREBF1介导TP63调控脂肪酸代谢通路 |
| 5.4.2 SREBF1、TP63和KLF5构成核心转录调控环相互协同调控转录 |
| 5.4.3 SREBF1 促进脂肪酸、鞘磷脂和甘油磷脂的合成以及食管鳞癌细胞的生长和迁徙 |
| 5.4.4 SREBF1、TP63和KLF5协同调控的食管鳞癌转录组 |
| 5.4.5 SREBF1、TP63和KLF5在食管鳞癌细胞中协同激活ErbB/m TOR信号通路 |
| 5.5 讨论 |
| 研究结论与问题展望 |
| 研究结论 |
| 问题展望 |
| 参考文献 |
| 综述 核心转录调控环的研究进展 |
| 主要参考文献 |
| 附录1 样本结果信息 |
| 附录2 博士期间发表学术论文情况 |
| 附录3 本人简历 |
| 致谢 |
（3）新加良附方调控miR-34a/SIRT1/p53及Caspase凋亡通路抑制胃癌的机制研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 符号说明 |
| 第一部分 文献综述 |
| 综述一 中药抗胃癌基础研究现状与进展 |
| 1 中药有效成分基础研究 |
| 2 单味中药基础研究 |
| 3 复方基础研究 |
| 4 总结与展望 |
| 参考文献 |
| 综述二 胃癌相关miRNA研究现状与展望 |
| 1 miRNA在胃癌发生发展中的作用研究 |
| 2 miRNA在胃癌诊断治疗中的作用研究 |
| 3 思考与展望 |
| 参考文献 |
| 前言 |
| 第二部分 实验研究 |
| 实验一 新加良附方及薯蓣皂苷元抑制胃癌细胞功能作用及机制研究 |
| (一) 新加良附方抑制人胃癌细胞功能实验 |
| 1 材料 |
| 2 方法 |
| 3 结果 |
| 4 讨论 |
| (二) 薯蓣皂苷元抑制人胃癌细胞功能实验 |
| 1 材料 |
| 2 方法 |
| 3 结果 |
| 4 讨论 |
| (三) 新加良附方及薯蓣皂苷元调控miR-34a作用 |
| 1 材料 |
| 2 方法 |
| 3 结果 |
| 4 讨论 |
| (四) 新加良附方及薯蓣皂苷元调控miR-34a抗胃癌作用机制研究 |
| 1 材料 |
| 2 方法 |
| 3 结果 |
| 4 讨论 |
| 实验二 新加良附方及薯蓣皂苷元对裸鼠胃癌移植瘤抑制作用及机制研究 |
| 1 材料 |
| 2 方法 |
| 3 结果 |
| 4 讨论 |
| 结语 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 附录 |
| 在学期间主要研究成果 |
| 个人简历 |
（4）SAMD9L在家族性胃癌中作用的研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 缩略语对照表 |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 胃癌的流行病学概述 |
| 1.2 胃癌的主要分子机制 |
| 1.2.1 胃癌中的基因突变 |
| 1.2.2 表观遗传改变 |
| 1.2.3 非编码RNA的作用 |
| 1.3 家族性胃癌研究进展 |
| 1.4 全外显子组测序简介 |
| 1.5 实验设计与意义 |
| 第二章 全外显子组测序及易感基因筛选 |
| 2.1 前言 |
| 2.2 材料和设备 |
| 2.2.1 主要试剂 |
| 2.2.2 主要仪器 |
| 2.3 实验方法 |
| 2.3.1 全外显子组测序 |
| 2.3.2 测序数据分析 |
| 2.3.3 外周血基因组DNA提取 |
| 2.3.4 测序结果验证 |
| 2.4 实验结果 |
| 2.4.1 全外显子组测序分析结果 |
| 2.4.2 易感基因筛选结果 |
| 2.4.3 一代测序验证结果 |
| 第三章 SAMD9L基因功能验证 |
| 3.1 前言 |
| 3.2 材料和设备 |
| 3.2.1 细胞株 |
| 3.2.2 主要仪器 |
| 3.2.3 主要试剂 |
| 3.2.4 主要溶液的配制 |
| 3.3 实验方法 |
| 3.3.1 细胞复苏 |
| 3.3.2 细胞传代 |
| 3.3.3 细胞冻存 |
| 3.3.4 SAMD9L基因敲减 |
| 3.3.5 细胞总RNA提取 |
| 3.3.6 q RT-PCR验证基因表达 |
| 3.3.7 CCK-8检测细胞增殖 |
| 3.3.8 平板克隆形成实验 |
| 3.3.9 划痕实验 |
| 3.3.10 细胞迁移实验 |
| 3.3.11 细胞侵袭实验 |
| 3.3.12 细胞凋亡实验 |
| 3.4 实验结果 |
| 3.4.1 q RT-PCR验证SAMD9L基因敲减结果 |
| 3.4.2 敲减SAMD9L促进胃癌细胞增殖和克隆形成 |
| 3.4.3 敲减SAMD9L促进胃癌细胞迁移和侵袭 |
| 3.4.4 敲减SAMD9L对细胞凋亡的影响 |
| 第四章 SAMD9L p.T832fs突变功能验证 |
| 4.1 前言 |
| 4.2 材料和设备 |
| 4.2.1 主要试剂 |
| 4.2.2 主要仪器 |
| 4.3 实验方法 |
| 4.3.1 过表达载体构建 |
| 4.3.2 质粒提取 |
| 4.3.3 质粒转染 |
| 4.3.4 q RT-PCR验证过表达效率 |
| 4.4 实验结果 |
| 4.4.1 q RT-PCR验证过表达结果 |
| 4.4.2 过表达突变型SAMD9L质粒对SGC-7901 细胞无显着影响 |
| 结论与讨论 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 攻读硕士学位期间取得的科研成果 |
（5）不同微卫星状态对胃癌免疫微环境的影响及其相关调控机制研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 英文缩略语 |
| 第一部分:不同微卫星状态胃癌微环境中差异免疫细胞及差异表达基因整合分析 |
| 1 前言 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 胃癌数据集下载和整合 |
| 2.2 不同微卫星状态胃癌中浸润的差异免疫细胞分析 |
| 2.3 筛选差异表达基因(DEGs) |
| 2.4 功能(GO)和途径富集(KEGG)分析 |
| 2.5 蛋白质相互作用(PPI)网络分析 |
| 2.6 统计学方法 |
| 3 结果 |
| 3.1 TCGA胃癌整合数据集的一般信息 |
| 3.2 不同微卫星状态胃癌中浸润的差异免疫细胞及其与临床病理学特征的相关性分析 |
| 3.2.1 不同微卫星状态胃癌中浸润的差异免疫细胞 |
| 3.2.2 不同微卫星状态胃癌中浸润的差异免疫细胞与临床病理学特征的相关性分析 |
| 3.3 不同微卫星状态胃癌的差异表达基因及其GO和KEGG通路分析 |
| 3.3.1 不同微卫星状态胃癌的差异表达基因 |
| 3.3.2 不同微卫星状态胃癌差异表达基因的GO和KEGG通路分析 |
| 3.4 不同微卫星状态胃癌浸润的差异免疫细胞与差异表达基因的相关性网络分析 |
| 3.4.1 不同微卫星状态胃癌浸润的差异免疫细胞与差异表达基因的相关性分析 |
| 3.4.2 不同微卫星状态胃癌浸润的差异免疫细胞相关差异表达基因的GO和KEGG分析 |
| 3.4.3 不同微卫星状态胃癌差异免疫细胞相关差异表达基因的PPI网络分析 |
| 3.5 不同微卫星状态对胃癌预后的影响 |
| 4 讨论 |
| 5 结论 |
| 第二部分:不同微卫星状态胃癌间质浸润的免疫细胞与差异表达基因的相关性及其与临床病理学特征和预后的关系 |
| 6 前言 |
| 7 材料与方法 |
| 7.1 研究对象 |
| 7.2 主要仪器和试剂 |
| 7.2.1 主要药品、试剂 |
| 7.2.2 主要仪器 |
| 7.3 实验方法 |
| 7.3.1 组织标本切片 |
| 7.3.2 免疫组化染色 |
| 7.3.3 免疫组化染色结果判定标准 |
| 7.3.4 统计分析 |
| 8 结果 |
| 8.1 微卫星状态的判定及其与临床病理学特征的相关性 |
| 8.2 不同微卫星状态胃癌组织中CD8+T/CD68+M细胞密度的差异 |
| 8.3 不同微卫星状态胃癌组织中PD1/PDL1表达的差异 |
| 8.4 不同微卫星状态胃癌组织中CD8+T/CD68+M细胞密度与PD1/PDL1表达的相关性 |
| 8.5 不同微卫星状态胃癌组织不同部位CD8+T/CD68+M细胞密度与PD1/PDL1表达的相关性分析 |
| 8.6 不同微卫星状态胃癌组织中CD8+T/CD68+M细胞密度和PD1/PDL1蛋白表达与临床病理学特征的相关性 |
| 8.7 胃癌组织中CD8+T/CD68+M细胞密度和PD1/PDL1表达与预后的相关性 |
| 9 讨论 |
| 10 结论 |
| 第三部分:PMS2缺失与胃癌临床病理学特征的相关性及其过表达对胃癌细胞生物学行为的影响及其可能的作用机制 |
| 11 前言 |
| 12 材料与方法 |
| 12.1 研究对象 |
| 12.2 主要材料和仪器 |
| 12.3 实验方法 |
| 13 结果 |
| 13.1 PMS2缺失与胃癌临床病理学特征的相关性及其对预后的影响 |
| 13.1.1 PMS2缺失与胃癌临床病理学特征的相关性 |
| 13.1.2 PMS2缺失对胃癌患者预后的影响 |
| 13.2 PMS2过表达对胃癌细胞生物学行为的影响及其可能的作用机制 |
| 13.2.1 PMS2低表达胃癌细胞系的筛选 |
| 13.2.2 瞬时转染建立PMS2过表达胃癌细胞模型 |
| 13.2.3 PMS2过表达对AGS和HGC27细胞增殖的影响 |
| 13.2.4 PMS2过表达对AGS和HGC27细胞凋亡的影响 |
| 13.2.5 PMS2过表达对AGS和HGC27细胞迁移的影响 |
| 13.2.6 PMS2过表达对AGS和HGC27细胞侵袭的影响 |
| 13.2.7 PMS2过表达对AGS和HGC27细胞分化的影响 |
| 14 讨论 |
| 15 结论 |
| 本研究局限性自我评价 |
| 本研究创新性的自我评价 |
| 参考文献 |
| 综述 胃癌微卫星不稳定研究进展 |
| 参考文献 |
| 攻读学位期间取得的研究成果 |
| 致谢 |
| 个人简历 |
（6）circDIDO1在胃癌发展中的作用及机制研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 英文缩略词中英文注释表 |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 胃癌 |
| 1.1.1 胃癌流行病学 |
| 1.1.2 胃癌的精准诊疗 |
| 1.2 circRNA |
| 1.2.1 circRNA形成 |
| 1.2.2 circRNA的特征 |
| 1.2.3 circRNA功能 |
| 1.3 circRNA与肿瘤 |
| 1.3.1 circRNA参与肿瘤细胞增殖 |
| 1.3.2 circRNA参与肿瘤细胞转移 |
| 1.3.3 circRNA与肿瘤血管生成 |
| 1.3.4 circRNA作为肿瘤诊断/预后标志物 |
| 1.4 circRNA与胃癌 |
| 1.5 小结 |
| 第二章 研究目的、方法、实验设计方案和意义 |
| 2.1 研究目的 |
| 2.2 研究方法 |
| 2.3 研究内容及实验方案设计 |
| 2.4 研究意义 |
| 第三章 差异表达的circRNA筛选和鉴定 |
| 3.1 材料 |
| 3.1.1 临床标本 |
| 3.1.2 细胞株 |
| 3.1.3 主要试剂 |
| 3.1.4 主要仪器和耗材 |
| 3.2 方法 |
| 3.2.1 组织样本总RNA提取 |
| 3.2.2 细胞总RNA提取 |
| 3.2.3 circRNA逆转录 |
| 3.2.4 细胞DNA提取 |
| 3.2.5 实时荧光定量PCR |
| 3.2.6 琼脂糖凝胶电泳 |
| 3.2.7 PCR产物测序 |
| 3.2.8 统计学分析 |
| 3.3 结果 |
| 3.3.1 筛选差异表达的circRNA |
| 3.3.2 建立circRNA检测方法 |
| 3.3.3 circDIDO1 在胃癌组织细胞中的表达及临床意义 |
| 3.4 讨论 |
| 第四章 circDIDO1 在胃癌发展中的生物学功能 |
| 4.1 材料 |
| 4.1.1 实验细胞株 |
| 4.1.2 主要试剂 |
| 4.1.3 主要仪器和耗材 |
| 4.2 方法 |
| 4.2.1 细胞培养 |
| 4.2.2 慢病毒转染 |
| 4.2.3 siRNA转染 |
| 4.2.4 细胞生长曲线 |
| 4.2.5 细胞克隆形成实验 |
| 4.2.6 Transwell细胞迁移实验 |
| 4.2.7 基质胶侵袭实验 |
| 4.2.8 细胞凋亡实验 |
| 4.2.9 裸鼠皮下瘤模型 |
| 4.2.10 裸鼠腹腔转移瘤模型 |
| 4.2.11 肿瘤组织病理分析 |
| 4.2.12 免疫组织化学染色 |
| 4.2.13 数据统计 |
| 4.3 结果 |
| 4.3.1 慢病毒转染circDIDO1 过表达效率的鉴定 |
| 4.3.2 过表达circDIDO1 对胃癌细胞增殖和克隆形成的影响 |
| 4.3.3 过表达circDIDO1 对胃癌细胞迁移和侵袭的影响 |
| 4.3.4 过表达circDIDO1 对胃癌细胞凋亡的影响 |
| 4.3.5 circDIDO1 过表达对胃癌细胞皮下瘤形成的影响 |
| 4.3.6 circDIDO1 过表达对胃癌细胞转移的影响 |
| 4.3.7 敲减circDIDO1 对胃癌细胞功能学的影响 |
| 4.4 讨论 |
| 第五章 circDIDO1 通过结合PRDX2 蛋白促进PRDX2 蛋白降解 |
| 5.1 材料 |
| 5.1.1 细胞株 |
| 5.1.2 主要试剂 |
| 5.1.3 主要仪器及相关耗材 |
| 5.2 方法 |
| 5.2.1 细胞培养 |
| 5.2.2 质粒转染 |
| 5.2.3 总RNA提取及逆转录PCR |
| 5.2.4 生物学功能实验 |
| 5.2.5 RNA测序 |
| 5.2.6 质粒提取 |
| 5.2.7 TRAP实验 |
| 5.2.8 液相色谱-质谱分析 |
| 5.2.9 总蛋白提取 |
| 5.2.10 Western blot |
| 5.2.11 细胞爬片免疫荧光 |
| 5.2.12 TOP/FOP-Flash荧光素酶报告基因分析 |
| 5.2.13 放线菌酮实验 |
| 5.2.14 蛋白酶体抑制剂实验 |
| 5.2.15 RNA FISH |
| 5.2.16 Co-IP实验 |
| 5.2.17 统计分析 |
| 5.3 结果 |
| 5.3.1 circDIDO1 在细胞质和细胞核都有定位 |
| 5.3.2 circDIDO1 抑制ERK和 β-catenin信号通路 |
| 5.3.3 circDIDO1 可与PRDX2 蛋白结合 |
| 5.3.4 circDIDO1 可能通过与PRDX2 蛋白结合促进PRDX2 蛋白降解 |
| 5.3.5 circDIDO1 可能通过促进PRDX2 泛素化降解下调PRDX2 蛋白水平 |
| 5.3.6 PRDX2 在胃癌细胞中的功能 |
| 5.3.7 PRDX2 可部分逆转circDIDO1 引起的胃癌细胞功能学改变 |
| 5.3.8 circDIDO1 影响PRDX2 下游信号通路 |
| 5.3.9 circDIDO1 和PRDX2 结合区域验证 |
| 5.4 讨论 |
| 第六章circDIDO1 结合miR-1307-3p的鉴定和验证 |
| 6.1 材料 |
| 6.1.1 细胞株 |
| 6.1.2 主要试剂 |
| 6.1.3 主要仪器及相关耗材 |
| 6.2 方法 |
| 6.2.1 细胞培养 |
| 6.2.2 miRNA mimics转染 |
| 6.2.3 miRNA逆转录 |
| 6.2.4 miRNA实时荧光定量PCR |
| 6.2.5 生物学功能实验 |
| 6.2.6 荧光素酶报告基因分析 |
| 6.2.7 RIP实验 |
| 6.2.8 统计分析 |
| 6.3 结果 |
| 6.3.1 circDIDO1 可与AGO2 结合 |
| 6.3.2 miR-1307-3p在胃癌中高表达 |
| 6.3.3 miR-1307-3p下调circDIDO1 表达 |
| 6.3.4 miR-1307-3p在胃癌中功能 |
| 6.3.5 miR-1307-3p通过靶向circDIDO1 促进胃癌细胞生长和转移 |
| 6.4 讨论 |
| 第七章 结论和展望 |
| 7.1 主要结论 |
| 7.2 研究创新点 |
| 7.3 展望 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 攻读博士期间发表论文 |
（7）胃癌癌变过程分子特征的研究 基于免疫组预测鼻咽癌远处转移的研究（论文提纲范文）
| 中英文缩略词 |
| 摘要 |
| Abstract |
| 引言 |
| 第一部分 胃癌癌变过程分子特征的研究 |
| 前言 |
| 第一章 利用肠型胃癌癌前病变组织及早期胃癌组织基因表达谱深度剖析肠型胃癌癌变过程中重要分子特征的研究 |
| 材料与方法 |
| 1. 实验材料 |
| 1.1 肠型胃癌癌前病变组织和早期胃癌组织样本 |
| 1.2 公共数据库中胃癌表达数据收集整理 |
| 1.3 细胞系 |
| 1.4 引物序列 |
| 1.5 质粒 |
| 1.6 实验试剂 |
| 1.7 实验器材及耗材 |
| 1.8 主要生物信息学分析软件及网站 |
| 2. 实验方法 |
| 2.1 肠型胃癌癌前病变组织、早期胃癌组织及配对对照组织样本的收集 |
| 2.2 组织样本总RNA提取 |
| 2.3 组织样本总RNA的纯化 |
| 2.4 组织样本RNA浓度的测定 |
| 2.5 组织样本RNA完整性的鉴定 |
| 2.6 基因表达谱芯片检测组织样本mRNA表达谱 |
| 2.7 芯片原始表达数据的提取及标准化 |
| 2.8 差异表达基因的识别和功能性通路富集 |
| 2.9 肿瘤Hallmark的活性评估 |
| 2.10 干细胞特性得分的计算 |
| 2.11 肠型胃癌癌变过程中驱动基因的表达 |
| 2.12 组织中免疫细胞浸润评估 |
| 2.13 构建胃癌患者生存相关的5-基因风险评分系统 |
| 2.14 肠型胃癌癌变过程中基因间共表达关系差异性分析 |
| 2.15 GSTM2相关模块挖掘以及其与胃癌患者预后之间关系的评估 |
| 2.16 实时定量PCR对基因表达进行相对定量 |
| 2.17 分子克隆构建GSTM2真核表达质粒 |
| 2.18 细胞培养 |
| 2.19 细胞转染 |
| 2.20 5-氟尿嘧啶(5-FU)对胃癌细胞系抑制实验 |
| 2.21 胃癌细胞系转录组测序及分析 |
| 3. 统计学分析 |
| 结果 |
| 1. 入组样本临床信息 |
| 2. 肠型胃癌癌变过程中差异表达基因的识别 |
| 3. 肠型胃癌癌变过程中生物学功能的变化 |
| 4. 肠型胃癌癌变过程中肿瘤恶性表型逐步呈现 |
| 5. 肠型胃癌癌变过程中胃上皮细胞的干细胞特性增强 |
| 6. 肠型胃癌癌变过程中重要驱动基因的识别 |
| 7. 早期胃癌组织中免疫微环境活跃程度高于癌前病变组织 |
| 8. 各个病变阶段一致性变化的基因在肠型胃癌癌变过程中具有重要作用 |
| 9. 各个病变阶段一致性变化的基因与胃癌患者预后显着相关 |
| 10. 5-gene signature预后能力评估 |
| 11. 肠型胃癌癌变过程中基因间差异共表达关系分析 |
| 12. GSTM2相关模块与胃癌患者预后显着相关 |
| 13. 独立样本验证GSTM2在胃癌组织中的表达 |
| 14. GSTM2抑制5-FU对胃癌细胞的杀伤 |
| 15. GSTM2降低5-FU诱导的胃癌细胞凋亡活性 |
| 讨论 |
| 小结 |
| 不足之处 |
| 第二章 时间进展性肠型胃癌癌前病变组织及癌组织多组学测序的研究 |
| 材料与方法 |
| 1. 实验材料 |
| 1.1 时间进展性肠型胃癌患者胃活检组织样本和外周血样本 |
| 1.2 实验试剂及耗材 |
| 1.3 实验仪器 |
| 1.4 主要生物信息学分析软件及网站 |
| 2. 实验方法 |
| 2.1 时间进展性肠型胃癌患者胃活检组织样本和外周血样本的收集 |
| 2.2 直接冻存组织和外周血白细胞DNA的提取 |
| 2.3 直接冻存组织和外周血白细胞RNA的提取及定量 |
| 2.4 DNA及RNA样本质量检测 |
| 2.5 二代测序文库构建 |
| 2.6 测序数据处理 |
| 3. 统计分析 |
| 结果 |
| 1. 入组样本及测序数据 |
| 2. 正常胃粘膜中存在功能性基因突变 |
| 3. 胃癌癌前病变组织基因组存在微卫星不稳定现象 |
| 4. 肠型胃癌癌变过程中染色体变异负荷 |
| 5. 肠型胃癌癌变过程中克隆进化 |
| 6. 肠型胃癌癌变过程中组织基因表达变化特征 |
| 讨论 |
| 小结 |
| 不足之处 |
| 第二部分 基于免疫组预测鼻咽癌远处转移的研究 |
| 前言 |
| 材料与方法 |
| 1. 实验材料 |
| 1.1 鼻咽癌患者治疗前和治疗后血液样本 |
| 1.2 实验试剂及耗材 |
| 1.3 实验器材 |
| 1.4 主要生物信息学分析软件和网站 |
| 2. 实验方法 |
| 2.1 鼻咽癌患者外周血中白细胞的分离 |
| 2.2 鼻咽癌患者外周血白细胞总RNA的提取 |
| 2.3 鼻咽癌患者外周血白细胞总RNA浓度的测定和完整性的检测 |
| 2.4 T淋巴细胞受体序列文库的构建和测序 |
| 2.5 TCR repertoire的二代测序及二代测序数据的分析 |
| 2.6 RNA测序数据分析 |
| 3. 统计分析 |
| 结果 |
| 1. 入组鼻咽癌患者的临床特征 |
| 2. 鼻咽癌患者治疗前和治疗后血细胞的动态变化 |
| 3. 鼻咽癌患者外周血TCR repertoire的特征 |
| 4. 治疗对非远处转移性鼻咽癌患者和治疗后发生远处转移的鼻咽癌患者的TCR克隆比例产生不同的影响 |
| 5. TCR repertoire多样性的降低与鼻咽癌患者较差的无远处转移生存显着相关 |
| 6. 治疗前后外周血TCR repertoire相似性与鼻咽癌患者无远处转移显着相关 |
| 讨论 |
| 小结 |
| 不足之处 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 基金资助 |
| 已发表与学位论文相关的英文论文及成果 |
| 文献综述 胃癌变与免疫应答 |
| 致谢 |
（8）长链非编码RNA CASC19在胃癌中的作用和机制研究（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| Abstract |
| 第一章 前言 |
| 1.1 胃癌流行病学 |
| 1.2 胃癌治疗现状 |
| 1.3 LncRNA的分类与功能 |
| 1.4 LncRNA在胃癌发病中的作用 |
| 1.5 本课题的研究目的和意义 |
| 第二章 生物信息学鉴定CASC19与胃癌进展和预后相关 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 数据的来源与获取 |
| 2.1.2 差异lncRNA筛选过程 |
| 2.1.3 加权基因共表达网络构建过程 |
| 2.1.4 临床重要模块与核心lncRNA的鉴别 |
| 2.1.5 核心lncRNA与 GC临床性状之间的联系 |
| 2.1.6 核心lncRNA的预后分析 |
| 2.1.7 核心lncRNA的 GSEA分析 |
| 2.1.8 统计学分析 |
| 2.2 结果 |
| 2.2.1 患者的基线资料 |
| 2.2.2 差异lncRNA筛选结果 |
| 2.2.3 加权基因共表达网络构建结果 |
| 2.2.4 临床重要模块与核心lncRNA的鉴别 |
| 2.2.5 CASC19与GC临床性状之间的联系 |
| 2.2.6 CASC19 过表达GC患者预后差 |
| 2.2.7 CASC19相关的信号通路 |
| 2.3 讨论 |
| 第三章 CASC19在人胃癌组织中的表达及临床意义 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 临床样本收集 |
| 3.1.2 纳入与排除标准 |
| 3.1.2.1 纳入标准 |
| 3.1.2.2 排除标准 |
| 3.1.3 临床病理参数 |
| 3.1.4 组织总RNA提取及质检 |
| 3.1.4.1 组织总RNA提取 |
| 3.1.4.2 组织总RNA质检 |
| 3.1.5 qRT-PCR实验 |
| 3.1.5.1 反转录合成cDNA |
| 3.1.5.2 qRT-PCR检测 |
| 3.1.5.3 qRT-PCR引物 |
| 3.1.6 HE染色 |
| 3.1.6.1 石蜡包埋 |
| 3.1.6.2 切片 |
| 3.1.6.3 HE染色步骤 |
| 3.1.7 IHC实验 |
| 3.1.7.1 石蜡包埋 |
| 3.1.7.2 切片 |
| 3.1.7.3 IHC步骤 |
| 3.1.8 统计学分析 |
| 3.2 结果 |
| 3.2.1 患者临床病理资料 |
| 3.2.2 CASC19在GC组织和癌旁组织中的表达 |
| 3.2.3 CASC19 表达与GC患者临床病理参数之间的关系 |
| 3.2.4 CASC19 表达与NPM1 表达之间的关系 |
| 3.2.5 CASC19在GC诊断中的意义 |
| 3.3 讨论 |
| 第四章 CASC19对胃癌细胞生物学行为的影响 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 细胞培养 |
| 4.1.1.1 细胞复苏 |
| 4.1.1.2 细胞传代 |
| 4.1.1.3 细胞冻存 |
| 4.1.2 慢病毒制备 |
| 4.1.2.1 CASC19 shRNA慢病毒制备 |
| 4.1.2.2 CASC19过表达慢病毒制备 |
| 4.1.3 慢病毒感染细胞 |
| 4.1.4 细胞总RNA提取及质检 |
| 4.1.4.1 细胞总RNA提取 |
| 4.1.4.2 细胞总RNA质检 |
| 4.1.5 qRT-PCR实验 |
| 4.1.5.1 反转录合成cDNA |
| 4.1.5.2 qRT-PCR检测 |
| 4.1.5.3 qRT-PCR引物 |
| 4.1.6 cDNA末端快速扩增实验 |
| 4.1.6.1 CASC19 PCR扩增及回收 |
| 4.1.6.2 3 ’RACE获取CASC19的3’全长 |
| 4.1.6.3 5 ’RACE获取CASC19的5’全长 |
| 4.1.7 CCK-8细胞增殖实验 |
| 4.1.8 细胞克隆形成实验 |
| 4.1.9 EdU细胞增殖实验 |
| 4.1.10 细胞划痕实验 |
| 4.1.11 Transwell迁移实验 |
| 4.1.12 Transwell侵袭实验 |
| 4.1.13 流式凋亡实验 |
| 4.1.14 蛋白质免疫印迹实验 |
| 4.1.14.1 细胞总蛋白提取 |
| 4.1.14.2 BCA法测定蛋白浓度 |
| 4.1.14.3 电泳 |
| 4.1.14.4 电转 |
| 4.1.14.5 显色 |
| 4.1.15 统计学分析 |
| 4.2 结果 |
| 4.2.1 CASC19在GC细胞系中的表达水平 |
| 4.2.2 RACE获得CASC19在GC细胞中的全长 |
| 4.2.3 CASC19的非编码分析 |
| 4.2.4 CASC19慢病毒敲减和过表达效率检测 |
| 4.2.5 CCK-8 实验检测CASC19对GC细胞增殖的影响 |
| 4.2.6 克隆形成实验检测CASC19对GC细胞增殖的影响 |
| 4.2.7 EdU实验检测CASC19对GC细胞增殖的影响 |
| 4.2.8 划痕实验检测CASC19对GC细胞迁移的影响 |
| 4.2.9 Transwell迁移实验检测CASC19对GC细胞迁移的影响 |
| 4.2.10 Transwell侵袭实验检测CASC19对GC细胞侵袭的影响 |
| 4.2.11 流式细胞实验检测CASC19对GC细胞凋亡的影响 |
| 4.2.12 WB实验检测CASC19对GC细胞凋亡的影响 |
| 4.2.13 WB实验检测CASC19对GC细胞EMT的影响 |
| 4.3 讨论 |
| 第五章 CASC19表达对胃癌细胞裸鼠移植瘤生长的影响 |
| 5.1 材料与方法 |
| 5.1.1 细胞培养 |
| 5.1.2 CASC19 shRNA慢病毒制备 |
| 5.1.3 慢病毒感染细胞 |
| 5.1.4 实验动物 |
| 5.1.5 实验分组 |
| 5.1.6 裸鼠皮下成瘤实验 |
| 5.1.7 裸鼠活体成像实验 |
| 5.1.8 组织总RNA提取及质检 |
| 5.1.8.1 组织总RNA提取 |
| 5.1.8.2 组织总RNA质检 |
| 5.1.9 qRT-PCR实验 |
| 5.1.9.1 反转录合成cDNA |
| 5.1.9.2 qRT-PCR检测 |
| 5.1.9.3 qRT-PCR引物 |
| 5.1.10 移植瘤HE染色 |
| 5.1.11 移植瘤IHC实验 |
| 5.1.12 移植瘤WB实验 |
| 5.1.12.1 组织总蛋白提取 |
| 5.1.12.2 BCA法测定蛋白浓度 |
| 5.1.12.3 电泳 |
| 5.1.12.4 电转 |
| 5.1.12.5 显色 |
| 5.1.13 统计学方法 |
| 5.2 结果 |
| 5.2.1 CASC19 在稳转MKN-45 细胞株中的表达水平 |
| 5.2.2 CASC19下调可抑制裸鼠皮下移植瘤的生长 |
| 5.2.3 CASC19 下调对移植瘤HE染色的镜下改变 |
| 5.2.4 CASC19 下调对移植瘤中Ki-67 蛋白表达的影响 |
| 5.2.5 CASC19 下调对移植瘤中PCNA蛋白表达的影响 |
| 5.2.6 CASC19 下调对移植瘤中HDAC1 表达的影响 |
| 5.2.7 CASC19 下调对移植瘤中NPM1 表达的影响 |
| 5.3 讨论 |
| 第六章 基于芯片技术鉴定CASC19调控的下游靶基因及信号通路 |
| 6.1 材料与方法 |
| 6.1.1 实验设计及样本的制备 |
| 6.1.1.1 细胞培养与感染 |
| 6.1.1.2 细胞总RNA提取 |
| 6.1.1.3 细胞总RNA质检 |
| 6.1.2 芯片的制备 |
| 6.1.3 芯片实验 |
| 6.1.3.1 反转录合成cDNA |
| 6.1.3.2 体外转录合成标记cRNA |
| 6.1.4 芯片的杂交 |
| 6.1.5 芯片的洗染和扫描 |
| 6.1.6 差异分析 |
| 6.1.7 IPA分析 |
| 6.1.8 qRT-PCR验证芯片结果 |
| 6.1.9 统计学分析 |
| 6.2 结果 |
| 6.2.1 芯片数据的质量评估 |
| 6.2.2 差异分析结果 |
| 6.2.3 IPA分析结果 |
| 6.2.3.1 IPA的经典通路分析结果 |
| 6.2.3.2 IPA的上游调控分析结果 |
| 6.2.3.3 IPA的疾病和功能分析结果 |
| 6.2.3.4 IPA的调控效应分析结果 |
| 6.2.3.5 IPA的相互作用网络分析结果 |
| 6.2.4 qRT-PCR验证结果 |
| 6.3 讨论 |
| 第七章 CASC19 通过募集HDAC1 来抑制NPM1 表达的机制研究 |
| 7.1 材料与方法 |
| 7.1.1 细胞培养 |
| 7.1.1.1 细胞复苏 |
| 7.1.1.2 细胞传代 |
| 7.1.1.3 细胞冻存 |
| 7.1.2 慢病毒制备 |
| 7.1.2.1 CASC19 shRNA慢病毒制备 |
| 7.1.2.2 HDAC1 shRNA慢病毒制备 |
| 7.1.2.3 MYC shRNA慢病毒制备 |
| 7.1.2.4 CASC19过表达慢病毒制备 |
| 7.1.2.5 HDAC1过表达慢病毒制备 |
| 7.1.2.6 MYC过表达慢病毒制备 |
| 7.1.3 慢病毒感染细胞 |
| 7.1.4 细胞总RNA提取及质检 |
| 7.1.4.1 细胞总RNA提取 |
| 7.1.4.2 细胞总RNA质检 |
| 7.1.5 qRT-PCR 实验 |
| 7.1.5.1 反转录合成cDNA |
| 7.1.5.2 qRT-PCR检测 |
| 7.1.5.3 qRT-PCR引物 |
| 7.1.6 核质分离实验 |
| 7.1.6.1 分离细胞核和细胞质 |
| 7.1.6.2 RNA抽提及反转录 |
| 7.1.6.3 qRT-PCR检测 |
| 7.1.7 WB 实验 |
| 7.1.7.1 细胞总蛋白提取 |
| 7.1.7.2 BCA法测定蛋白浓度 |
| 7.1.7.3 电泳 |
| 7.1.7.4 电转 |
| 7.1.7.5 显色 |
| 7.1.8 RNA pull-down 实验 |
| 7.1.8.1 准备细胞裂解物 |
| 7.1.8.2 制备生物素标记的RNA |
| 7.1.8.3 标记RNA探针 |
| 7.1.8.4 进行 RNA pull-down 实验 |
| 7.1.8.5 蛋白质谱鉴定 |
| 7.1.9 RNA 纯化染色质分离实验 |
| 7.1.9.1 准备细胞裂解物 |
| 7.1.9.2 超声处理 |
| 7.1.9.3 进行 Ch IRP 实验 |
| 7.1.9.4 DNA分离鉴定 |
| 7.1.9.5 蛋白质分离鉴定 |
| 7.1.10 RNA 结合蛋白免疫沉淀实验 |
| 7.1.10.1 准备细胞裂解物 |
| 7.1.10.2 准备磁珠 |
| 7.1.10.3 RNA结合蛋白免疫沉淀 |
| 7.1.10.4 RNA纯化 |
| 7.1.10.5 qRT-PCR检测 |
| 7.1.11 染色质免疫共沉淀实验 |
| 7.1.11.1 细胞交联 |
| 7.1.11.2 染色质片段化 |
| 7.1.11.3 DNA纯化 |
| 7.1.11.4 免疫沉淀 |
| 7.1.11.5 解交联 |
| 7.1.11.6 qPCR或者测序 |
| 7.1.12 双荧光素酶报告基因实验 |
| 7.1.13 统计学分析 |
| 7.2 结果 |
| 7.2.1 CASC19的亚细胞定位 |
| 7.2.2 RNA pull-down实验检测与CASC19 相互作用的蛋白质 |
| 7.2.3 ChIRP实验检测与CASC19 相互作用的蛋白质和基因 |
| 7.2.4 CatRAPID验证CASC19与HDAC1 蛋白相互作用 |
| 7.2.5 WB检测RNA pull-down富集蛋白中HDAC1 的表达 |
| 7.2.6 RIP实验证明CASC19 可以结合HDAC1 蛋白 |
| 7.2.7 HDAC1 的表达不受CASC19 的调控 |
| 7.2.8 ChIP-seq实验检测与HDAC1 相互作用的基因 |
| 7.2.9 CASC19 下调抑制HDAC1与NPM1 启动子的结合 |
| 7.2.10 NPM1 的表达受HDAC1 的调控 |
| 7.2.11 CASC19 通过募集HDAC1 抑制NPM1 的表达 |
| 7.2.12 CASC19上游的调控转录因子预测 |
| 7.2.13 CASC19 的表达受MYC的调控 |
| 7.3 讨论 |
| 第八章 全文结论 |
| 8.1 主要结论 |
| 8.2 研究展望 |
| 参考文献 |
| 综述 染色体8q24.21 区域的lncRNA在癌症中的研究进展 |
| 参考文献 |
| 附录 中英文缩略词表 |
| 在学期间的研究成果 |
| 致谢 |
（9）抑癌基因eIF4EBP3对胃癌增殖和肝脏转移的影响及机制研究（论文提纲范文）
| 致谢 |
| 中文摘要 |
| 英文摘要 |
| 缩略语及中英文对照 |
| 1 引言 |
| 2 实验材料与方法 |
| 2.1 实验材料 |
| 2.2 实验方法 |
| 3 技术路线 |
| 3.1 eIF4EBP3 的表达水平和甲基化状态检测 |
| 3.2 eIF4EBP3 体内外功能实验 |
| 3.3 eIF4EBP3 抑制胃癌增殖及肝脏转移的机制研究 |
| 4 结果 |
| 4.1 eIF4EBP3 因启动子高甲基化在胃癌中表达下降或沉默 |
| 4.2 eIF4EBP3 表达水平与胃癌患者临床病理特征的相关性研究 |
| 4.3 eIF4EBP3 抑制胃癌细胞在体内外的增殖 |
| 4.4 eIF4EBP3 抑制胃癌细胞迁移侵袭能力及肝脏转移 |
| 4.5 eIF4EBP3 通过 eIF4E/β-catenin 轴抑制胃癌细胞增殖和转移 |
| 4.6 回补实验:过表达β? catenin 可以减弱 eIF4EBP3 抑制胃癌细胞增殖和转移的能力 |
| 5 讨论 |
| 6 结论 |
| 参考文献 |
| 综述 胃癌肝转移的研究进展及未来展望 |
| References |
| 作者简历及在学习期间所获得的科研成果 |
（10）FTO（Fat Mass and Obesity Associated）基因在尤文肉瘤发生发展中的生物学功能研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 缩略词表 |
| 前言 |
| 一、FTO 与尤文肉瘤 |
| 二、PTEN抑癌基因在骨与软组织肉瘤中的作用 |
| 参考文献 |
| 材料与方法 |
| 一、主要试剂和材料 |
| 二、主要实验所需溶液的配制 |
| 三、实验方法 |
| 四、统计学分析 |
| 实验结果 |
| 一、FTO在尤文肉瘤组织和细胞中的表达 |
| 二、构建FTO稳定过表达尤文肉瘤细胞株 |
| 三、FTO稳定过表达尤文肉瘤细胞株迁移、侵袭能力改变 |
| 四、构建FTO稳定敲减尤文肉瘤细胞株 |
| 五、FTO稳定敲减尤文肉瘤细胞株迁移、侵袭能力改变 |
| 六、PTEN在尤文肉瘤组织和细胞中的表达 |
| 七、FTO稳定过表达尤文肉瘤细胞株中验证PTEN的表达情况 |
| 八、FTO稳定敲减尤文肉瘤细胞株中验证PTEN的表达情况 |
| 九、尤文肉瘤细胞株中FTO过表达对PTEN基因m6A甲基化修饰水平的影响 |
| 十、尤文肉瘤细胞株中FTO基因下调对PTEN基因m6A甲基化修饰水平的影响 |
| 十一、PTEN回复显着取消FTO对尤文肉瘤细胞增殖水平的促进作用 |
| 讨论 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 综述 |
| 参考文献 |
| 在读期间发表论文和参加科研工作情况 |
| 致谢 |
四、DOWN-REGULATED EXPRESSION OF PTEN GENE AND LOH OF ITS EPIGENETIC MICROSATELLITES IN GASTRIC CARCINOMA（论文参考文献）
- [1]基于GEO和TCGA数据库构建胃癌预后风险模型及CTNNAL1基因表达与胃癌临床病理因素及预后的关系[D]. 李文会. 中国医科大学, 2021(02)
- [2]消化道肿瘤核心转录调控环的识别及其关键转录因子的功能鉴定[D]. 杨倩. 汕头大学, 2021
- [3]新加良附方调控miR-34a/SIRT1/p53及Caspase凋亡通路抑制胃癌的机制研究[D]. 李亚. 北京中医药大学, 2020(04)
- [4]SAMD9L在家族性胃癌中作用的研究[D]. 张强. 西北大学, 2020(02)
- [5]不同微卫星状态对胃癌免疫微环境的影响及其相关调控机制研究[D]. 王艳丽. 中国医科大学, 2020(02)
- [6]circDIDO1在胃癌发展中的作用及机制研究[D]. 张宇. 江苏大学, 2020
- [7]胃癌癌变过程分子特征的研究 基于免疫组预测鼻咽癌远处转移的研究[D]. 张雅静. 北京协和医学院, 2020(05)
- [8]长链非编码RNA CASC19在胃癌中的作用和机制研究[D]. 汪文杰. 兰州大学, 2020(01)
- [9]抑癌基因eIF4EBP3对胃癌增殖和肝脏转移的影响及机制研究[D]. 翟淑亭. 浙江大学, 2020(01)
- [10]FTO（Fat Mass and Obesity Associated）基因在尤文肉瘤发生发展中的生物学功能研究[D]. 刘超. 中国人民解放军海军军医大学, 2019(04)